[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7cki: Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Bacillus s... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cki | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Bacillus stearothermophilus in complex with chuangxinmycin and ATP | ||||||||||||
Components | Tryptophan--tRNA ligase | ||||||||||||
Keywords | ANTIBIOTIC / Chuangxinmycin | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Geobacillus stearothermophilus (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||||||||
Authors | Lyu, G. / Fan, S. / Jin, Y. / Liu, J. / Zou, S. / Wu, G. / Yang, Z. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Bacillus stearothermophilus in complex with chuangxinmycin and ATP Authors: Lyu, G. / Fan, S. / Jin, Y. / Li, D. / Liu, J. / Zou, S. / Wu, G. / Yang, Z. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7cki.cif.gz | 86.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7cki.ent.gz | 60.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7cki.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/7cki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/7cki | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 1i6mS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 37467.941 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus stearothermophilus (bacteria) Gene: trpS / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P00953, tryptophan-tRNA ligase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 165 molecules
#2: Chemical | ChemComp-9E0 / ( | ||||
---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ATP / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.4 % / Description: diamond |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 310 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 / Details: 1.8 M K2HPO4 / PH range: 7.0-7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97854 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 13, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97854 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 28943 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 25.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.415 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.426 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 3.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1I6M Resolution: 2.3→40.937 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.46 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 84.85 Å2 / Biso mean: 28.8868 Å2 / Biso min: 12.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→40.937 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|