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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ckh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TMSiPheRS | ||||||
要素 | Tyrosine--tRNA ligase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE (アミノアシルtRNA合成酵素) / P-TRIMETHYSILYL PHENYLALANINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tyrosyl-tRNA aminoacylation / チロシンtRNAリガーゼ / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79492679758 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, J.P. / Wang, J.Y. / Zhu, Z.L. / He, Q.T. / Xiao, P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: DeSiphering receptor core-induced and ligand-dependent conformational changes in arrestin via genetic encoded trimethylsilyl 1 H-NMR probe. 著者: Liu, Q. / He, Q.T. / Lyu, X. / Yang, F. / Zhu, Z.L. / Xiao, P. / Yang, Z. / Zhang, F. / Yang, Z.Y. / Wang, X.Y. / Sun, P. / Wang, Q.W. / Qu, C.X. / Gong, Z. / Lin, J.Y. / Xu, Z. / Song, S.L. ...著者: Liu, Q. / He, Q.T. / Lyu, X. / Yang, F. / Zhu, Z.L. / Xiao, P. / Yang, Z. / Zhang, F. / Yang, Z.Y. / Wang, X.Y. / Sun, P. / Wang, Q.W. / Qu, C.X. / Gong, Z. / Lin, J.Y. / Xu, Z. / Song, S.L. / Huang, S.M. / Guo, S.C. / Han, M.J. / Zhu, K.K. / Chen, X. / Kahsai, A.W. / Xiao, K.H. / Kong, W. / Li, F.H. / Ruan, K. / Li, Z.J. / Yu, X. / Niu, X.G. / Jin, C.W. / Wang, J. / Sun, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ckh.cif.gz | 175.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ckh.ent.gz | 110.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ckh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/7ckh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/7ckh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35912.555 Da / 分子数: 2 / 変異: Y32H,I63G,L65V,H70Q,D158G,I159G,V164G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57834, チロシンtRNAリガーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 26% PEG 1500, 100mM Hepes, 200mM L-proline |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97891 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97891 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→49.75 Å / Num. obs: 65842 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 32.7795485647 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.967 / Num. unique obs: 22047 / Rpim(I) all: 0.453 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4HJR 解像度: 1.79492679758→49.7463833441 Å / SU ML: 0.200212769247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34352506524 / 位相誤差: 33.3872066858 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.3186925604 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79492679758→49.7463833441 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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