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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cjj | |||||||||
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タイトル | Photosystem II structure in the S2 state | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / Photosystem II (光化学系II) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Li, H. / Shen, J.-R. / Suga, M. | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2021 タイトル: Capturing structural changes of the S 1 to S 2 transition of photosystem II using time-resolved serial femtosecond crystallography. 著者: Li, H. / Nakajima, Y. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Yonekura, S. / Chan, S.K. / Nakane, T. / Yamane, T. / Umena, Y. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Motomura, T. / Naitow, H. / Matsuura, Y. / ...著者: Li, H. / Nakajima, Y. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Yonekura, S. / Chan, S.K. / Nakane, T. / Yamane, T. / Umena, Y. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Motomura, T. / Naitow, H. / Matsuura, Y. / Kimura, T. / Tono, K. / Owada, S. / Joti, Y. / Tanaka, R. / Nango, E. / Akita, F. / Kubo, M. / Iwata, S. / Shen, J.R. / Suga, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cjj.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cjj.ent.gz | 2.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cjj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cjj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Photosystem II ... , 17種, 33分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuXxYy...
#1: タンパク質 | 分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P51765, 光化学系II #2: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR1 #3: タンパク質 | 分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR7 #4: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR8, 光化学系II #7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P19052 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12240 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3974.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: Q7DGD4 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P19054 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12241 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12312 #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR2 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12313 #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P56152 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR4 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR3 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR5 #20: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3859.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P0DM37 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12238 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12239 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P0A387 |
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-糖 , 3種, 33分子
#32: 糖 | ChemComp-HTG / #33: 糖 | ChemComp-LMT / #35: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 18種, 2234分子
#21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CL / #23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | ChemComp-PHO / #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | ChemComp-SQD / #27: 化合物 | ChemComp-GOL / #28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-PL9 / #30: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 #31: 化合物 | ChemComp-LHG / #34: 化合物 | ChemComp-LMG / #36: 化合物 | ChemComp-CA / #37: 化合物 | #38: 化合物 | #39: 化合物 | #40: 化合物 | #41: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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非ポリマーの詳細 | Ligands assigned with UNL cannot be identified and were built as lipids or detergents. |
配列の詳細 | ABOUT PRO A(a) 279, LEU K(k) 33, TRP K(k) 39 AND LEU M(m) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON ...ABOUT PRO A(a) 279, LEU K(k) 33, TRP K(k) 39 AND LEU M(m) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON DENSITY MAP. SEQUENCE DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG, magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.77 Å |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 329844 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 235 % / Biso Wilson estimate: 50.81 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 37 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 32695 / CC1/2: 0.54 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: dark structure 解像度: 2.4→39.902 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 205.78 Å2 / Biso mean: 63.1053 Å2 / Biso min: 30.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→39.902 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.6749 Å / Origin y: -14.4457 Å / Origin z: -25.4671 Å
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精密化 TLSグループ |
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