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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7civ | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Agmatine N-Acetyltransferase mutant S171A in complex with Ac-CoA | ||||||
要素 | Agmatine N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GCN5-related N-acetyltransferase(GNAT) / Arylalkylamine N-acetyltransferase(AANAT) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arylamine N-acetyltransferase / aralkylamine N-acetyltransferase activity / arylamine N-acetyltransferase activity / N-acetyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.848 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, J.J. / Hu, I.C. / Lai, C.H. / Lyu, P.C. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Agmatine N-Acetyltransferase mutant S171A in complex with Ac-CoA 著者: Chen, J.J. / Hu, I.C. / Lai, C.H. / Lyu, P.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7civ.cif.gz | 60.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7civ.ent.gz | 41.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7civ.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7civ ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7civ | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5k9nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23783.109 Da / 分子数: 1 / 変異: S171A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: AgmNAT, AANATL8, Dmel\CG15766, CG15766, Dmel_CG15766 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9W469, arylamine N-acetyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M sodium HEPES (pH7.0), 2.1M ammonium sulfate, soaked in 20mM Ac-CoA for 4 hours |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99984 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.848→30 Å / Num. obs: 16586 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 8.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5k9n 解像度: 1.848→22.101 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.54 Å2 / Biso mean: 23.9333 Å2 / Biso min: 11.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.848→22.101 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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