[日本語] English
万見
- PDB-7ci2: Crystal structure of AcrVA2 in complex with partial MbCpf1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ci2
タイトルCrystal structure of AcrVA2 in complex with partial MbCpf1
要素
  • AcrVA2
  • MbCpf1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / anti-CRISPR / CRISPR-Cas (CRISPR) / AcrVA2 / Cpf1 / Cas12a / MbCpf1 / MbCas12a / Acr
機能・相同性CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain / Type V CRISPR-associated protein Cpf1
機能・相同性情報
生物種Moraxella bovoculi (モラクセラ・ボーボクリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, P. / Cheng, Z. / Wang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91440201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700662 中国
引用ジャーナル: Prog.Biochem.Biophys. / 年: 2021
タイトル: Structural Study on Anti-CRISPR Protein AcrVA2
著者: Chen, P. / Sun, W. / Cheng, Z. / Yang, J. / Wang, M. / Wang, J. / Chen, H. / Liu, L. / Wang, Y.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AcrVA2
B: AcrVA2
C: MbCpf1
D: MbCpf1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3154
ポリマ－81,3154
非ポリマー00
水1,20767
1
A: AcrVA2
C: MbCpf1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6572
ポリマ－40,6572
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AcrVA2
D: MbCpf1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6572
ポリマ－40,6572
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.816, 90.816, 137.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 79 or resid 81...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 0 through 79 or resid 81 through 93 or resid 95 through 316))
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERTRPA1 - 80
d_12ens_1ASNILEA84 - 96
d_13ens_1ASPASNA100 - 317
d_21ens_1SERTRPB1 - 80
d_22ens_1ASNILEB84 - 96
d_23ens_1ASPASNB100 - 317
d_11ens_2ALAVALC1 - 19
d_21ens_2ALAVALD1 - 19

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999996700362, -0.00168064211047, -0.00194286044258), (-0.00168146237036, -0.999998497874, -0.000420635570197), (-0.0019421505863, 0.000423901028977, -0.999998024178)0.0797059815318, 52.4384540398, -2.95286861648
2given(0.999854791936, 0.0165335524517, 0.00412755212809), (0.0164547674151, -0.99969450576, 0.0184427704826), (0.00443121569782, -0.0183721745334, -0.999821397816)-0.696467159898, 51.8039335421, -2.22973846787

-
要素

#1: タンパク質 AcrVA2


分子量: 36879.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella bovoculi (モラクセラ・ボーボクリ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド MbCpf1


分子量: 3777.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella bovoculi (モラクセラ・ボーボクリ)
遺伝子: AAX07_00205 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U2B2X7
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.035 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 12.6 mM MgCl2, 1.58 mM Spermine, 6.3% isopropanol, 15 mM HEPES pH 6.8, 0.75% PEG5K MME,0.2 M NDSB-211

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 31347 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 42.82 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.887 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1581 / CC1/2: 0.451 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 0.855 / Χ2: 0.787 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CI1

7ci1


解像度: 2.8→45.41 Å / SU ML: 0.4368 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 27.0276
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 1434 4.96 %
Rwork0.2453 27485 -
obs0.2464 28919 92.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5241 0 0 67 5308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01765419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.67297381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1279800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7247724
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.610112681946
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.87954293592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.90.4064490.39621032X-RAY DIFFRACTION34.48
2.9-3.020.35981450.34922729X-RAY DIFFRACTION91.79
3.02-3.150.32481950.31872928X-RAY DIFFRACTION99.52
3.15-3.320.2871280.28292977X-RAY DIFFRACTION99.94
3.32-3.530.31721840.28252938X-RAY DIFFRACTION99.94
3.53-3.80.28991140.25853020X-RAY DIFFRACTION99.87
3.8-4.180.23651500.21892961X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.790.23141680.19732965X-RAY DIFFRACTION99.97
4.79-6.030.21691430.20952997X-RAY DIFFRACTION99.9
6.03-45.410.23041580.2112938X-RAY DIFFRACTION99.45

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る