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- PDB-7cgw: Complex structure of PD-1 and tislelizumab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cgw
タイトルComplex structure of PD-1 and tislelizumab Fab
要素
  • Heavy chain of tislelizumab Fab
  • Light chain of tislelizumab Fab
  • Programmed cell death protein 1PD-1
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Tislelizumab / PD-1 (PD-1) / antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hong, Y. / Feng, Y.C. / Liu, Y.
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2021
タイトル: Tislelizumab uniquely binds to the CC' loop of PD-1 with slow-dissociated rate and complete PD-L1 blockage.
著者: Hong, Y. / Feng, Y. / Sun, H. / Zhang, B. / Wu, H. / Zhu, Q. / Li, Y. / Zhang, T. / Zhang, Y. / Cui, X. / Li, Z. / Song, X. / Li, K. / Liu, M. / Liu, Y.
履歴
登録2020年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain of tislelizumab Fab
B: Light chain of tislelizumab Fab
C: Programmed cell death protein 1
H: Heavy chain of tislelizumab Fab
L: Light chain of tislelizumab Fab
P: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,56113
ポリマ－130,0136
非ポリマー1,5487
水0
1
A: Heavy chain of tislelizumab Fab
B: Light chain of tislelizumab Fab
C: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6706
ポリマ－65,0063
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24350 Å2
手法PISA
2
H: Heavy chain of tislelizumab Fab
L: Light chain of tislelizumab Fab
P: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8917
ポリマ－65,0063
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.638, 145.572, 175.549
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of tislelizumab Fab


分子量: 24477.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of tislelizumab Fab


分子量: 23549.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / PD-1 / hPD-1


分子量: 16979.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15116
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1M Citric acid, pH4.0, 1M LiCl and 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→101.88 Å / Num. obs: 30470 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 95.76 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4399 / CC1/2: 0.673

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Tislelizumab Fab

解像度: 3.2→101.88 Å / SU ML: 0.4264 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.2957
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 2005 6.59 %
Rwork0.2179 28418 -
obs0.2203 30423 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→101.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8352 0 98 0 8450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.094911774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.21151358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.33733115
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.280.30791480.2912008X-RAY DIFFRACTION99.54
3.28-3.370.38811390.28321993X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.470.33591370.27751999X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.580.33591390.26032026X-RAY DIFFRACTION99.95
3.58-3.710.26481360.23542006X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.860.28241470.23142007X-RAY DIFFRACTION99.91
3.86-4.030.29011400.23152029X-RAY DIFFRACTION99.91
4.03-4.240.2431490.20742020X-RAY DIFFRACTION99.77
4.24-4.510.23551380.19012023X-RAY DIFFRACTION99.72
4.51-4.860.2371470.17642031X-RAY DIFFRACTION99.59
4.86-5.350.18321450.17742026X-RAY DIFFRACTION99.72
5.35-6.120.23931440.20332043X-RAY DIFFRACTION99.95
6.12-7.710.21791430.25022068X-RAY DIFFRACTION100
7.71-101.880.26391530.21662139X-RAY DIFFRACTION98.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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