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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cgq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Azospirillum brasilense L-arabinose 1-dehydrogenase E147A mutant (NADP and L-arabinose bound form) | ||||||
要素 | L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+)) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / L-ARABINOSE METABOLISM / NADP-DEPENDENT DEHYDROGENASE / GFO/IDH/MOCA PROTEIN FAMILY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / L-arabinose catabolic process / L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / ガラクトース-1-デヒドロゲナーゼ (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / NADP+ binding ...L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / L-arabinose catabolic process / L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / ガラクトース-1-デヒドロゲナーゼ (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / NADP+ binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD+ binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Azospirillum brasilense (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.208 Å | ||||||
データ登録者 | Yoshiwara, K. / Watanabe, Y. / Watanabe, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020 タイトル: Crystal structure of bacterial L-arabinose 1-dehydrogenase in complex with L-arabinose and NADP+ 著者: Yoshiwara, K. / Watanabe, S. / Watanabe, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cgq.cif.gz | 252.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cgq.ent.gz | 202.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cgq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/7cgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/7cgq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34967.727 Da / 分子数: 4 / 変異: E147A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア) 遺伝子: araA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q53TZ2, L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+], ガラクトース-1-デヒドロゲナーゼ (NADP+), D-galactose 1-dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 糖 | ChemComp-ARA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 18.5% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.208→50 Å / Num. obs: 82746 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 6.45 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 21839 / CC1/2: 0.664 / Rrim(I) all: 0.798 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JNK 解像度: 2.208→49.385 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.98 Å2 / Biso mean: 32.0001 Å2 / Biso min: 14.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.208→49.385 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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