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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cdi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P2C-1F11 with RBD | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / spike / receptor binding domain (受容体) / antibody (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Zhang, L. / Ge, J. / Wang, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Antibody neutralization of SARS-CoV-2 through ACE2 receptor mimicry. 著者: Ge, J. / Wang, R. / Ju, B. / Zhang, Q. / Sun, J. / Chen, P. / Zhang, S. / Tian, Y. / Shan, S. / Cheng, L. / Zhou, B. / Song, S. / Zhao, J. / Wang, H. / Shi, X. / Ding, Q. / Liu, L. / Zhao, J. ...著者: Ge, J. / Wang, R. / Ju, B. / Zhang, Q. / Sun, J. / Chen, P. / Zhang, S. / Tian, Y. / Shan, S. / Cheng, L. / Zhou, B. / Song, S. / Zhao, J. / Wang, H. / Shi, X. / Ding, Q. / Liu, L. / Zhao, J. / Zhang, Z. / Wang, X. / Zhang, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cdi.cif.gz | 252.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cdi.ent.gz | 201.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cdi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cdi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24600.631 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0DTC2 |
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#2: 抗体 | 分子量: 22851.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 23274.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293F / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.74 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.8, 20% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.96→34.98 Å / Num. obs: 19785 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.96→3.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.997 / Num. unique obs: 1951 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6M0J 解像度: 2.96→33.974 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.07 Å2 / Biso mean: 60.986 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.96→33.974 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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