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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cay | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Lon N-terminal domain protein from Xanthomonas campestris | ||||||
要素 | ATP-dependent protease | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / N-terminal domain (N末端) / Lon protease | ||||||
機能・相同性 | Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / peptidase activity / ATP-dependent protease / Lon N-terminal domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, R. / Sharma, B. / Deshmukh, S. / Kumar, A. / Makde, R.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020 タイトル: Crystal structure of XCC3289 from Xanthomonas campestris: homology with the N-terminal substrate-binding domain of Lon peptidase. 著者: Singh, R. / Deshmukh, S. / Kumar, A. / Goyal, V.D. / Makde, R.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cay.cif.gz | 78.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cay.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cay.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7cay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7cay | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1zboS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21318.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 遺伝子: D0A42_17175 / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A3E1KP83, UniProt: Q8P5P7*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: Isopropanol 35%, 200mM ammonium acetate, 100 mM Tris-Cl, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月7日 / 詳細: mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→44.17 Å / Num. obs: 5595 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 74.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 19.9 / Num. measured all: 46030 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1zbo 解像度: 2.8→33.327 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.63 Å2 / Biso mean: 71.1476 Å2 / Biso min: 48.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→33.327 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Num. reflection Rfree: 160
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -30.9683 Å / Origin y: 11.2254 Å / Origin z: -6.3041 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |