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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c6r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta-glycosides-binding protein (W177X) of ABC transporter in a closed state bound to cellopentaose | ||||||
![]() | Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Conformational dynamics / substrate-binding protein / Induced-fit mechanism / Two-step ligand binding / Venus Fly-trap mechanism | ||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / beta-cellopentaose / Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Samanta, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational Trapping of a beta-Glucosides-Binding Protein Unveils the Selective Two-Step Ligand-Binding Mechanism of ABC Importers. 著者: Chandravanshi, M. / Samanta, R. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7c63SC ![]() 7c64C ![]() 7c66C ![]() 7c67C ![]() 7c68C ![]() 7c69C ![]() 7c6fC ![]() 7c6gC ![]() 7c6hC ![]() 7c6iC ![]() 7c6jC ![]() 7c6kC ![]() 7c6lC ![]() 7c6mC ![]() 7c6nC ![]() 7c6tC ![]() 7c6vC ![]() 7c6wC ![]() 7c6xC ![]() 7c6yC ![]() 7c6zC ![]() 7c70C ![]() 7c71C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 45906.211 Da / 分子数: 1 / 変異: K174R, N175T, S176P, W177del, D178R, V179T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: TTHB082 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose |
-非ポリマー , 4種, 97分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() |
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#4: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() |
#6: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 % / 解説: Orthorhombic |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulphate, 40% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月9日 / 詳細: VariMax HF | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.96→58.23 Å / Num. obs: 22403 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 10.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7C63 解像度: 1.96→55.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 14.342 / SU ML: 0.197 / SU R Cruickshank DPI: 0.0698 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.72 Å2 / Biso mean: 29.642 Å2 / Biso min: 13.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.96→55.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.96→2.007 Å / Rfactor Rfree error: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.4091 Å / Origin y: 1.1328 Å / Origin z: 15.8906 Å
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