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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c0w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a dinucleotide-binding protein (Y224A) of ABC transporter endogenously bound to uridylyl-3'-5'-phospho-guanosine (Form II) | ||||||
![]() | Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / transmembrane transport / ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Samanta, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and thermodynamic insights into the novel dinucleotide-binding protein of ABC transporter unveils its moonlighting function. 著者: Chandravanshi, M. / Samanta, R. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 317.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 256.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7c0fSC ![]() 7c0kC ![]() 7c0lC ![]() 7c0oC ![]() 7c0rC ![]() 7c0sC ![]() 7c0tC ![]() 7c0uC ![]() 7c0vC ![]() 7c0xC ![]() 7c0yC ![]() 7c0zC ![]() 7c14C ![]() 7c15C ![]() 7c16C ![]() 7c19C ![]() 7c1bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 0 - 393 / Label seq-ID: 2 - 395
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44412.691 Da / 分子数: 2 / 変異: Y224A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: TTHA0379 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 419分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FGO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FGO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||||
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#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | ![]() #5: 化合物 | ![]() #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 % / 解説: Monoclinic |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium phosphate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年4月16日 / 詳細: VariMax HF | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→58.06 Å / Num. obs: 45231 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 183894 / Scaling rejects: 95 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7C0F 解像度: 2.1→54.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 11.412 / SU ML: 0.158 / SU R Cruickshank DPI: 0.2726 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.21 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.79 Å2 / Biso mean: 21.004 Å2 / Biso min: 8.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→54.15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 12719 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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