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- PDB-7c0r: Crystal structure of a dinucleotide-binding protein (F79A) of ABC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c0r
タイトルCrystal structure of a dinucleotide-binding protein (F79A) of ABC transporter endogenously bound to uridylyl-3'-5'-phospho-guanosine (Form I)
要素Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / c-di-GMP/AMP / Substrate-binding protein / Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) / tRNA synthesis and/or modification / Venus Fly-trap mechanism / UgpB
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / transmembrane transport / 二酸化炭素 / Chem-FGO / Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Samanta, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)SB/YS/LS-120/2013 インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Structural and thermodynamic insights into the novel dinucleotide-binding protein of ABC transporter unveils its moonlighting function.
著者: Chandravanshi, M. / Samanta, R. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2020年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
B: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,35224
ポリマ－88,8572
非ポリマー2,49522
水12,611700
1
A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,56911
ポリマ－44,4291
非ポリマー1,14110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
2
B: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,78313
ポリマ－44,4291
非ポリマー1,35412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.390, 121.580, 66.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 0 - 394 / Label seq-ID: 2 - 396

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein


分子量: 44428.688 Da / 分子数: 2 / 変異: F79A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
遺伝子: TTHA0379 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5SLB4

-
非ポリマー , 6種, 722分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素 / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FGO / [(1S,3R,3aR,6aS)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1H-purin-9-yl)-5,5-bis(oxidanyl)-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrocyclopenta[c]furan-1-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-2-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl] hydrogen phosphate


分子量: 629.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N7O13P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 % / 解説: Monoclinic
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium phosphate, 0.1M sodium cacodylate pH6.5, 30% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年1月7日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.633
11-h,-k,l20.367
反射解像度: 1.77→60.79 Å / Num. obs: 85038 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 389869 / Scaling rejects: 514
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.77-1.84.20.5741714940670.7060.3080.6552.486.7
9.38-60.794.80.0930226270.9880.0450.116.699.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.77 Å60.79 Å
Translation1.77 Å60.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ削減
MOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C0F

7c0f


解像度: 1.77→60.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.953 / SU ML: 0.052 / SU R Cruickshank DPI: 0.0202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.021
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1823 4254 5 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.1449 80749 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.38 Å2 / Biso mean: 20.289 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.34 Å2-0 Å20.03 Å2
2--11.92 Å20 Å2
3----6.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→60.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6099 0 164 700 6963
Biso mean--25.32 28.54 -
残基数----793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0136417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2861.678699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5421.58414021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5315801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.71823.087298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.713151026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0271529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.027122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021325
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12539 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.772→1.818 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 310 -
Rwork0.192 5437 -
all-5747 -
obs--87.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47490.11160.18770.3710.20580.40510.0377-0.0415-0.0450.0131-0.00010.00640.0248-0.0106-0.03770.04590.0005-0.00080.00440.00480.00875.9104-5.62920.6885
20.4501-0.1311-0.16380.40780.17180.43810.0250.02230.0362-0.00470.0044-0.0012-0.035-0.0135-0.02940.0466-00.00650.00180.00240.004534.89175.7267-28.7379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 396
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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