PDB-7bed: X-ray structure of WDR5 bound to the WDR5 win motif peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bed

タイトル

X-ray structure of WDR5 bound to the WDR5 win motif peptide

要素

WD repeat-containing protein 5

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / WD repeat-containing protein 5 LANA Histone Methyltransferase H3K4 /

TRANSCRIPTION (転写 (生物学))

機能・相同性

機能・相同性情報

MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex /

ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis /

histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

McVey, C.E. / Kaye, K.M.

資金援助

ポルトガル,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Foundation for Science and Technology (FCT)	LISBOA-01-0145-FEDER-007344	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	IF/01023/2013/CP1173/CT0003	ポルトガル
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	CA082036	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	DE025208	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	DE024971	米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: MLL1 is regulated by KSHV LANA and is important for virus latency.
著者: Tan, M. / Li, S. / Juillard, F. / Chitas, R. / Custodio, T.F. / Xue, H. / Szymula, A. / Sun, Q. / Liu, B. / Alvarez, A.L. / Chen, S. / Huang, J. / Simas, J.P. / McVey, C.E. / Kaye, K.M.

履歴

登録	2020年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年12月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bed.cif.gz	247.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bed.ent.gz	163.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bed.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bed	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bcyC 4eryS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mxx-d 3n0e-d 6u8b-2 5ynv-1 5ynt-1 4gm9-2 3n0d-d 5igo-1 6u6w-2 3frx-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

B: WD repeat-containing protein 5

ヘテロ分子

73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, HiLoad 16/60 Superdex, 75 PG

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.008, 54.469, 117.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 36635.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / プラスミド: pET47b 詳細 (発現宿主): 6XHis tag;3C protease site;T7 promoter:KanR 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.18 % / 解説: Capped bipyrimidal
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 26% PEG 3350, 100mM Bis-Tris pH 5.5, 50mM (NH4)2SO4,WDR5 at 14,65 mg/ml with 2:1 (protein:well) drop ratio. PH範囲: 5.5 - 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月25日 / 詳細: DCM (Double Crystal Monochromator)
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→27.23 Å / Num. obs: 157708 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 10.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R split: 0.068 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.57 / Net I/av σ(I): 9 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.26→1.28 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4018 / CC_1/2: 0.502 / R split: 0.619 / R_pim(I) all: 0.424 / R_rim(I) all: 0.831 / Χ²: 0.55 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc7_4070	精密化
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
xia2	0.4.0.0	データ削減
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ERY

4ery

解像度: 1.26→27.23 Å / SU ML: 0.1353 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.5211
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1713	7538	4.78 %	RANDOM
R_work	0.159	150170	-	-
obs	0.1596	157708	96.07 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→27.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2446	0	5	362	2813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	2600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9971	3543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0902	398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	442
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.3814	353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.26-1.27	0.2963	251	0.3022	4641	X-RAY DIFFRACTION	90.84
1.27-1.29	0.2991	235	0.2907	4935	X-RAY DIFFRACTION	92.95
1.29-1.3	0.2869	230	0.2802	4894	X-RAY DIFFRACTION	93.76
1.3-1.32	0.2811	261	0.2829	4912	X-RAY DIFFRACTION	95.2
1.32-1.34	0.2854	222	0.2667	4995	X-RAY DIFFRACTION	95.08
1.34-1.36	0.2537	226	0.2646	4982	X-RAY DIFFRACTION	94.54
1.36-1.38	0.27	264	0.2607	4951	X-RAY DIFFRACTION	96.16
1.38-1.4	0.2928	250	0.2457	5095	X-RAY DIFFRACTION	97.01
1.4-1.42	0.2255	271	0.2422	4994	X-RAY DIFFRACTION	97.32
1.42-1.44	0.2452	245	0.2331	5159	X-RAY DIFFRACTION	96.69
1.44-1.47	0.2413	253	0.2199	4982	X-RAY DIFFRACTION	96.5
1.47-1.49	0.2121	264	0.218	4986	X-RAY DIFFRACTION	96.15
1.49-1.52	0.2166	278	0.1993	4991	X-RAY DIFFRACTION	96.1
1.52-1.55	0.206	252	0.1928	5000	X-RAY DIFFRACTION	96.03
1.55-1.59	0.1803	262	0.1846	4971	X-RAY DIFFRACTION	95.75
1.59-1.62	0.2171	227	0.1757	5066	X-RAY DIFFRACTION	96.91
1.62-1.66	0.1926	262	0.1624	5034	X-RAY DIFFRACTION	97.01
1.66-1.71	0.173	270	0.1564	5095	X-RAY DIFFRACTION	97.1
1.71-1.76	0.1444	261	0.1478	4991	X-RAY DIFFRACTION	96.85
1.76-1.82	0.1743	219	0.1462	5121	X-RAY DIFFRACTION	96.58
1.82-1.88	0.1607	230	0.1368	5060	X-RAY DIFFRACTION	96.71
1.88-1.96	0.1337	229	0.1231	4973	X-RAY DIFFRACTION	95.34
1.96-2.04	0.1333	262	0.1262	4975	X-RAY DIFFRACTION	95.76
2.04-2.15	0.1364	270	0.1214	5089	X-RAY DIFFRACTION	98.06
2.15-2.29	0.136	246	0.1215	5107	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.29-2.46	0.1522	258	0.1308	5018	X-RAY DIFFRACTION	96.56
2.46-2.71	0.1509	233	0.1305	5058	X-RAY DIFFRACTION	96.04
2.71-3.1	0.1542	265	0.1328	4944	X-RAY DIFFRACTION	95.97
3.1-3.91	0.1326	247	0.1219	5109	X-RAY DIFFRACTION	97.58
3.91-27.23	0.1397	295	0.1416	5042	X-RAY DIFFRACTION	97.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9478219546	-2.23160259173	-1.27142326692	3.4570689766	0.827809642446	1.87805307117	0.0912210303507	0.135748195289	0.149179183088	-0.0550909310089	-0.0697318625634	0.117489461828	-0.18692074632	-0.153845217518	-0.00983876881442	0.0603010198487	-0.0148515520518	-0.0216779551998	0.0772315015739	0.00157636336378	0.0720143756411	10.615549622	21.0715490314	123.648902719
2	1.61342421975	-0.268129615932	-0.569654662035	2.45238841219	0.762473406264	2.3044680646	0.0192363485741	0.0233449396369	0.0377889129292	-0.109724044741	-0.0117753664377	-0.164010997843	-0.0989084610052	0.129145256669	-0.0156598114013	0.0576546834436	9.77595574378E-5	-0.000688727985032	0.0783238735901	0.00602977721777	0.0579893075887	24.8137083589	13.391913138	127.512109787
3	1.34547533492	1.09229915107	0.507091438456	4.77867744261	2.82490267285	3.7950584758	-0.00674071410975	0.0311427671689	-0.0574851502748	0.0731360980258	0.0781066258201	-0.276088788387	0.0198343604512	0.184750543715	-0.0542967135745	0.0487976510346	0.00998943781537	-0.00750204684875	0.0598682095797	0.0164293334297	0.0728728061608	25.4959646084	7.27140352963	135.251201661
4	3.06624302364	1.73092029186	0.33485101378	5.79137668204	-0.568659129604	3.18151034407	0.0402300725006	0.0305853411708	-0.172107747919	-0.0506187442873	-0.137209234711	-0.479291702077	0.0191768363986	0.316000093549	0.110095103786	0.0569546922643	0.0228344065474	0.00947545960882	0.0870145495424	0.0162756916389	0.0999976456754	30.4417863992	2.6695561392	136.843448676
5	1.55343271569	0.246657247456	0.399113634941	1.03106280881	-0.164701775454	1.18127672358	0.0236333612214	-0.0233788444534	-0.075535209799	0.081053167529	-0.0057127150168	-0.0412932248296	0.027259735388	0.0442905107088	-0.0208162838108	0.0647602439229	-0.00265768183955	-0.00135463803201	0.0562724529376	0.0131678921321	0.0628044319747	20.8295907657	3.83974040673	142.764160901
6	3.29812008112	1.8861284192	-0.489911145927	3.88033441424	0.018879885951	2.85617627461	0.131968243955	-0.265855130514	-0.260423644862	0.218508072031	-0.0992190853025	-0.234346201489	0.104427237178	0.132188865988	-0.0461494776521	0.0817433676583	0.0133097971343	-0.0155724184548	0.0646361670583	0.0215620982833	0.0912154209333	22.6163463387	-0.557943658588	147.559890118
7	3.07666585706	1.5950000188	0.709830015017	2.88815643117	0.76924774437	3.01103832654	0.0828411298966	-0.215112223386	-0.0504832113912	0.131214959767	-0.115256126114	0.00827347520921	0.00672002332404	-0.127056896794	0.0353426352475	0.0455291650621	0.000297782164496	0.0037185881708	0.06165300251	0.0164374936821	0.0466863142676	11.7712658187	4.72710358269	146.081517862
8	4.55616137121	2.84064052984	3.37480574063	3.39857845701	3.1702280499	6.14170827234	0.115038997151	-0.306023383784	-0.0769178546569	0.147976787281	-0.0818044370515	0.029792458809	0.0519191455236	-0.28262576568	-0.0598993559584	0.0822793222733	-0.00847243339797	0.0122821816547	0.0760443813423	0.0241912748997	0.075925299398	8.11922015988	2.42534695032	149.92643042
9	3.59533729458	0.0253036701745	0.812606843069	4.74024048192	1.73510808225	4.97985476744	-0.0817680829989	-0.321726443607	0.0567087956689	0.202159994378	-0.0913221361716	0.420090343584	-0.0924225577244	-0.494199983633	0.092719797499	0.0667976919215	0.0308202596082	0.0130749645891	0.137920668264	0.0100973727299	0.0912757654963	3.54267036183	8.881894584	142.669946781
10	1.52296562212	-0.472753621053	0.0182572810852	1.67698933221	-0.186053015258	1.15699785621	-0.0388540670309	-0.140214362889	-0.030486756733	0.119248983987	0.0632322030747	0.13947597914	-0.0404761579019	-0.184457674918	-0.0206833443555	0.0665199925106	0.0156709302893	0.00117298970248	0.101269499692	0.00743387171528	0.0678804733537	1.9810465557	12.7829703018	134.590979485
11	1.5682426635	-0.251808085736	-0.0260946870322	0.757168184166	-0.0290256588366	1.11543499135	-0.0172137503789	0.0235219541193	0.0890981101545	-0.0196774177572	0.00596694220805	0.0388549519927	-0.0791752512222	-0.0699708249184	0.00887379686935	0.0661682381517	0.00608730916661	-0.0104333772413	0.0627434921487	0.00709945981373	0.0531084800393	9.45351553247	17.4915992386	125.689889459
12	8.89463662726	1.96550541081	-1.01901966343	7.52729841	-1.7291801566	7.32587471718	-0.250310257348	0.79488498416	-0.838813519527	-0.557516618424	0.193060811655	-0.201970950039	0.70416822524	0.121100793614	0.102738056087	0.169913383661	0.0105357358967	0.00448047499053	0.144707472277	-0.0518921024801	0.150946653122	13.8944600661	-2.50582055361	127.105659147

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 27 through 47 )	A	A	27 - 47	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 48 through 84 )	A	A	48 - 84	22 - 58
3	3	chain 'A' and (resid 85 through 106 )	A	A	85 - 106	59 - 80
4	4	chain 'A' and (resid 107 through 126 )	A	A	107 - 126	81 - 100
5	5	chain 'A' and (resid 127 through 148 )	A	A	127 - 148	101 - 122
6	6	chain 'A' and (resid 149 through 167 )	A	A	149 - 167	123 - 141
7	7	chain 'A' and (resid 168 through 190 )	A	A	168 - 190	142 - 164
8	8	chain 'A' and (resid 191 through 209 )	A	A	191 - 209	165 - 183
9	9	chain 'A' and (resid 210 through 233 )	A	A	210 - 233	184 - 207
10	10	chain 'A' and (resid 234 through 287 )	A	A	234 - 287	208 - 261
11	11	chain 'A' and (resid 288 through 334 )	A	A	288 - 334	262 - 308
12	12	chain 'B' and (resid 10 through 19 )	B	C	10 - 18	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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