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- PDB-7b3o: Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with STE90-C11 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b3o
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with STE90-C11 Fab
要素
  • Heavy Chain of Fab Fragment
  • Light Chain of Fab Fragment
  • Spike protein S1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / neutralizing antibodies (中和抗体) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / RBD
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kluenemann, T. / Van den Heuvel, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research ドイツ
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: A SARS-CoV-2 neutralizing antibody selected from COVID-19 patients binds to the ACE2-RBD interface and is tolerant to most known RBD mutations.
著者: Bertoglio, F. / Fuhner, V. / Ruschig, M. / Heine, P.A. / Abassi, L. / Klunemann, T. / Rand, U. / Meier, D. / Langreder, N. / Steinke, S. / Ballmann, R. / Schneider, K.T. / Roth, K.D.R. / ...著者: Bertoglio, F. / Fuhner, V. / Ruschig, M. / Heine, P.A. / Abassi, L. / Klunemann, T. / Rand, U. / Meier, D. / Langreder, N. / Steinke, S. / Ballmann, R. / Schneider, K.T. / Roth, K.D.R. / Kuhn, P. / Riese, P. / Schackermann, D. / Korn, J. / Koch, A. / Chaudhry, M.Z. / Eschke, K. / Kim, Y. / Zock-Emmenthal, S. / Becker, M. / Scholz, M. / Moreira, G.M.S.G. / Wenzel, E.V. / Russo, G. / Garritsen, H.S.P. / Casu, S. / Gerstner, A. / Roth, G. / Adler, J. / Trimpert, J. / Hermann, A. / Schirrmann, T. / Dubel, S. / Frenzel, A. / Van den Heuvel, J. / Cicin-Sain, L. / Schubert, M. / Hust, M.
#1: ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: A SARS-CoV-2 neutralizing antibody selected from COVID-19 patients binds to the ACE2-RBD interface and is tolerant to most known RBD mutations.
著者: Bertoglio, F. / Fuhner, V. / Ruschig, M. / Heine, P.A. / Abassi, L. / Klunemann, T. / Rand, U. / Meier, D. / Langreder, N. / Steinke, S. / Ballmann, R. / Schneider, K.T. / Roth, K.D.R. / ...著者: Bertoglio, F. / Fuhner, V. / Ruschig, M. / Heine, P.A. / Abassi, L. / Klunemann, T. / Rand, U. / Meier, D. / Langreder, N. / Steinke, S. / Ballmann, R. / Schneider, K.T. / Roth, K.D.R. / Kuhn, P. / Riese, P. / Schackermann, D. / Korn, J. / Koch, A. / Chaudhry, M.Z. / Eschke, K. / Kim, Y. / Zock-Emmenthal, S. / Becker, M. / Scholz, M. / Moreira, G.M.S.G. / Wenzel, E.V. / Russo, G. / Garritsen, H.S.P. / Casu, S. / Gerstner, A. / Roth, G. / Adler, J. / Trimpert, J. / Hermann, A. / Schirrmann, T. / Dubel, S. / Frenzel, A. / Van den Heuvel, J. / Cicin-Sain, L. / Schubert, M. / Hust, M.
#2: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: A SARS-CoV-2 neutralizing antibody selected from COVID-19 patients by phage display is binding to the ACE2-RBD interface and is tolerant to known RBD mutations
著者: Bertoglio, F. / Fuhner, V. / Ruschig, M. / Heine, P.A. / Rand, U. / Klunemann, T. / Meier, D. / Langreder, N. / Steinke, S. / Ballmann, R. / Schneider, K. / Roth, K.D.R. / Kuhn, P. / Riese, P. ...著者: Bertoglio, F. / Fuhner, V. / Ruschig, M. / Heine, P.A. / Rand, U. / Klunemann, T. / Meier, D. / Langreder, N. / Steinke, S. / Ballmann, R. / Schneider, K. / Roth, K.D.R. / Kuhn, P. / Riese, P. / Schackermann, D. / Korn, J. / Koch, A. / Zock-Emmenthal, S. / Becker, M. / Scholz, M. / Moreira, G.M.S.G. / Wenzel, E.V. / Russo, G. / Garritsen, H.S. / Casu, S. / Gerstner, A. / Roth, G. / Hermann, A. / Schirrmann, T. / Dubel, S. / Frenzel, A. / Cicin-Sain, L. / Schubert, M. / Hust, M.
履歴
登録2020年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Spike protein S1
L: Light Chain of Fab Fragment
H: Heavy Chain of Fab Fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0754
ポリマ－70,6513
非ポリマー4241
水7,692427
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)195.756, 87.420, 57.059
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-435-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23087.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 Light Chain of Fab Fragment


分子量: 23481.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Heavy Chain of Fab Fragment


分子量: 24081.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 13.3% (w/v) polyethylene glycol 6,000, 0.1M MES pH 5.6 0.24M tri sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.1 Å / Num. obs: 63906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 437879 / Scaling rejects: 33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.056.71.8943020745010.6530.7872.0541.2100
9.17-48.17.20.09650507060.9790.0410.10517.399.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å48.09 Å
Translation2 Å48.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7bwy

7bwy


解像度: 2→48.1 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 1088 1.7 %
Rwork0.1852 62762 -
obs0.1859 63850 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.82 Å2 / Biso mean: 47.2921 Å2 / Biso min: 22.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4667 0 53 427 5147
Biso mean--113.03 43.17 -
残基数----613
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.090.36381350.319178037938
2.09-2.20.33161360.272978067942
2.2-2.340.27451350.238977637898
2.34-2.520.26451360.221978417977
2.52-2.770.26121350.219478207955
2.77-3.170.21251360.195978818017
3.17-40.21781370.163978688005
4-48.10.1751380.139879808118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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