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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7axp | |||||||||
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タイトル | Structural characterisation of WDR5:CS-VIP8 interaction in cis state 2 | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / WDR5 / cyclic strained visible-light photoswitches / MLL1 complex disruption / inhibition of hematopoiesis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / skeletal system development / 糖新生 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / 紡錘体 / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.432 Å | |||||||||
データ登録者 | Werel, L. / Essen, L.-O. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022 タイトル: Bistable Photoswitch Allows in Vivo Control of Hematopoiesis. 著者: Albert, L. / Nagpal, J. / Steinchen, W. / Zhang, L. / Werel, L. / Djokovic, N. / Ruzic, D. / Hoffarth, M. / Xu, J. / Kaspareit, J. / Abendroth, F. / Royant, A. / Bange, G. / Nikolic, K. / ...著者: Albert, L. / Nagpal, J. / Steinchen, W. / Zhang, L. / Werel, L. / Djokovic, N. / Ruzic, D. / Hoffarth, M. / Xu, J. / Kaspareit, J. / Abendroth, F. / Royant, A. / Bange, G. / Nikolic, K. / Ryu, S. / Dou, Y. / Essen, L.O. / Vazquez, O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7axp.cif.gz | 136.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7axp.ent.gz | 106.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7axp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36635.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: WDR5, component of MLL1 methyltransferase complex, chromatin regulator 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 915.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: cyclic peptide, cyclic strained visible-light photoswitch, WDR5-binder, disrupts MLL1 complex via MLL1-WDR5 inhibition 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.3 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% (w/v) PEG20000, 20% (v/v) PEG550 MME, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.432→64.765 Å / Num. obs: 155702 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.432→2.519 Å / 冗長度: 12.8 % / Num. unique obs: 92 / CC1/2: 0.995 / % possible all: 0.998 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IAM 解像度: 2.432→64.765 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 44.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 165.08 Å2 / Biso mean: 67.6577 Å2 / Biso min: 20.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.432→64.765 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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