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- PDB-7amf: Crystal structure of rsFolder2 in its non-fluorescent off-state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7amf
タイトルCrystal structure of rsFolder2 in its non-fluorescent off-state
要素Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / GFP / Reversibly Photoswitchable Fluorescent Protein / Photoconvertible FP
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 緑色蛍光タンパク質
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Moreno-Chicano, T. / El Khatib, M. / Colletier, J.-P.
引用ジャーナル: Chemphyschem / 年: 2022
タイトル: Rational Control of Off-State Heterogeneity in a Photoswitchable Fluorescent Protein Provides Switching Contrast Enhancement.
著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / ...著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / Carbajo, S. / Eleni Christou, N. / Coquelle, N. / De la Mora, E. / El Khatib, M. / Moreno Chicano, T. / Bruce Doak, R. / Fieschi, F. / Foucar, L. / Glushonkov, O. / Gorel, A. / Grunbein, M.L. / Hilpert, M. / Hunter, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Lane, T.J. / Liang, M. / Mantovanelli, A. / Nass, K. / Nass Kovacs, G. / Owada, S. / Roome, C.M. / Schiro, G. / Seaberg, M. / Stricker, M. / Thepaut, M. / Tono, K. / Ueda, K. / Uriarte, L.M. / You, D. / Zala, N. / Domratcheva, T. / Jakobs, S. / Sliwa, M. / Schlichting, I. / Colletier, J.P. / Bourgeois, D. / Weik, M.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年10月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1737
ポリマ－106,8964
非ポリマー2763
水17,673981
1
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7241
ポリマ－26,7241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8162
ポリマ－26,7241
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8162
ポリマ－26,7241
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8162
ポリマ－26,7241
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.300, 134.910, 51.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-31-

ARG

21A-311-

HOH

31A-474-

HOH

41B-434-

HOH

51C-576-

HOH

61D-470-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質


分子量: 26724.070 Da / 分子数: 4
変異: S30R, Y39N, F64L, S65A, Q69L, Q80R, F99S, N105T, M153T, V163S, I171V, A206K
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: Large thick plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 100 mM Tris pH 8.5, 20 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→48.12 Å / Num. obs: 116053 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5765 / CC1/2: 0.679 / Rrim(I) all: 0.807 / Χ2: 0.95 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5dtz

5dtz


解像度: 1.63→48.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.276 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1927 2000 1.7 %RANDOM
Rwork0.1544 ---
obs0.1551 114053 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.14 Å2 / Biso mean: 24.197 Å2 / Biso min: 7.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20.07 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→48.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7422 0 18 984 8424
Biso mean--69.01 39.1 -
残基数----931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0138858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.68712092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4471.60918480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.0765.2421156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.85823.377456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.445151499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6671542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021864
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 147 -
Rwork0.301 8384 -
all-8531 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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