+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7alo | |||||||||
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Title | Structure of B*27:09/photoRL9 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / MHC (MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX) | |||||||||
Function / homology | Function and homology information vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / Glucagon-type ligand receptors / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / G alpha (s) signalling events / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell population proliferation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Loll, B. / Lan, H. / Freund, C. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Exchange catalysis by tapasin exploits conserved and allele-specific features of MHC-I molecules. Authors: Lan, H. / Abualrous, E.T. / Sticht, J. / Fernandez, L.M.A. / Werk, T. / Weise, C. / Ballaschk, M. / Schmieder, P. / Loll, B. / Freund, C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7alo.cif.gz | 433.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7alo.ent.gz | 295.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7alo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7alo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7alo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5ib5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ADBE
#1: Protein | Mass: 33871.273 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-B / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A2R7Z5J3 #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P61769 |
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-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules CF
#3: Protein/peptide | Mass: 1453.719 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: peptide derived from the vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 modified at position 8 of the peptide Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P32241 |
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-Non-polymers , 6 types, 544 molecules
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-1PE / | #7: Chemical | ChemComp-PGE / | #8: Chemical | ChemComp-PEG / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, and 200 mM KSCN |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 22, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 89225 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.52 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 5.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 15619 / CC1/2: 0.45 / Rrim(I) all: 1.619 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IB5 Resolution: 1.8→40.66 Å / SU ML: 0.2669 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / Phase error: 28.1879 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→40.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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