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- PDB-7a2u: Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T at pH 4.5 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a2u | ||||||
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Title | Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T at pH 4.5 | ||||||
![]() | Tyrosine-protein kinase Fyn | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() response to singlet oxygen / Reelin signalling pathway / negative regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / perinuclear endoplasmic reticulum / NTRK2 activates RAC1 / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | Fyn-SH3-RT chimeric construction | ||||||
![]() | Camara-Artigas, A. / Plaza-Garrido, M. / Salinas-Garcia, M.C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T at pH 4.5 Authors: Camara-Artigas, A. / Plaza-Garrido, M. / Salinas-Garcia, M.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 56.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 34.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ua6S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 6822.360 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: L112V S114N S115T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P06241, ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-ACT / ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.05 % / Mosaicity: 0.06 ° |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 / Details: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 14, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→19.94 Å / Num. obs: 14723 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3UA6 Resolution: 1.7→19.94 Å / SU ML: 0.1012 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.37 / Phase error: 24.0512 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→19.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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