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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zv0 | ||||||
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タイトル | TFIIS N-terminal domain (TND) from human LEDGF/p75 | ||||||
要素 | PC4 and SFRS1-interacting protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / chromatin reader | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン ...supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン / nuclear periphery / ユークロマチン / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Veverka, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: A ubiquitous disordered protein interaction module orchestrates transcription elongation. 著者: Cermakova, K. / Demeulemeester, J. / Lux, V. / Nedomova, M. / Goldman, S.R. / Smith, E.A. / Srb, P. / Hexnerova, R. / Fabry, M. / Madlikova, M. / Horejsi, M. / De Rijck, J. / Debyser, Z. / ...著者: Cermakova, K. / Demeulemeester, J. / Lux, V. / Nedomova, M. / Goldman, S.R. / Smith, E.A. / Srb, P. / Hexnerova, R. / Fabry, M. / Madlikova, M. / Horejsi, M. / De Rijck, J. / Debyser, Z. / Adelman, K. / Hodges, H.C. / Veverka, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zv0.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zv0.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zv0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zv0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6zuyC 6zuzC 6zv1C 6zv2C 6zv3C 6zv4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10648.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75475 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.6 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75, 25 mM [U-2H] TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O Label: s1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 225 mM / Label: c1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 850 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 |
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代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 50 |