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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zum
タイトルCrystal structure of dimethylated RSL-N23H (RSL-B3) in complex with cucurbit[7]uril and zinc
要素Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / cucurbituril (ククルビットウリル) / molecular glue / crystal engineering / dimethyllysine / zinc (亜鉛) / b-propeller
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / 酢酸塩 / beta-D-fructopyranose / cucurbit[7]uril / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (青枯病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.589 Å
データ登録者Guagnini, F. / Engilberge, S. / Flood, R.J. / Ramberg, K.O. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 3件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
Science Foundation Ireland12/RC/2275_P2 アイルランド
Irish Research CouncilGOIPD/2019/513 アイルランド
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2020
タイトル: Metal-Mediated Protein-Cucurbituril Crystalline Architectures
著者: Guagnini, F. / Engilberge, S. / Flood, R.J. / Ramberg, K.O. / Crowley, P.B.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6269
ポリマ－9,8671
非ポリマー1,7598
水1,00956
1
A: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子

A: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子

A: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,87827
ポリマ－29,6003
非ポリマー5,27724
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.057, 51.057, 102.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-107-

NA

21A-108-

NA

31A-251-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 9866.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (青枯病菌)
遺伝子: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1
#2: 糖 ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトピラノ-ス / フルクトース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrupbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrupIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 62分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-QQ7 / cucurbit[7]uril


分子量: 1162.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H42N28O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M TRIS-HCl pH 7.0, 0.2 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.589→34.159 Å / Num. obs: 13378 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.589→1.617 Å / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 646 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 0.771

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F7W polyalanine

6f7w


解像度: 1.589→34.159 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 653 4.88 %
Rwork0.1861 12725 -
obs0.187 13378 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.71 Å2 / Biso mean: 43.2139 Å2 / Biso min: 16.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.589→34.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数689 0 185 56 930
Biso mean--57.28 47.62 -
残基数----89
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9921199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.17486
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5894-1.71210.28061390.234249499
1.7121-1.88440.21791440.20242562100
1.8844-2.1570.25131210.18972549100
2.157-2.71740.24561050.21222572100
2.7174-34.1590.17671440.17122548100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.809 Å / Origin y: 9.9386 Å / Origin z: 0.4441 Å
111213212223313233
T0.2342 Å2-0.0336 Å20.0079 Å2-0.1659 Å2-0.024 Å2--0.3361 Å2
L6.3387 °20.2581 °2-0.5308 °2-4.112 °2-0.3238 °2--2.2641 °2
S0.149 Å °-0.0694 Å °0.9768 Å °0.1229 Å °-0.0182 Å °-0.4941 Å °-0.3195 Å °0.1104 Å °-0.1162 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 301
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allB3
4X-RAY DIFFRACTION1allC1
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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