+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zu6 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cu nitrite reductase from Achromobacter cycloclastes: MSOX series at 170K, dose point 1 | ||||||||||||
要素 | Copper-containing nitrite reductase | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cu nitrite reductase / nitrosyl / copper (銅) / MSOX | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 denitrification pathway / 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / ペリプラズム / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Achromobacter cycloclastes (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hough, M.A. / Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Hasnain, S.S. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: Nature of the copper-nitrosyl intermediates of copper nitrite reductases during catalysis. 著者: Hough, M.A. / Conradie, J. / Strange, R.W. / Antonyuk, S.V. / Eady, R.R. / Ghosh, A. / Hasnain, S.S. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zu6.cif.gz | 175.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6zu6.ent.gz | 135.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zu6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/6zu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/6zu6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36621.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア) 遺伝子: nirK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P25006, 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) |
---|
-非ポリマー , 5種, 586分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MLI / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.66 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75 詳細: Crystals were grown using the vapor diffusion hanging drop method with a protein concentration of 10 mg/ml. The reservoir solution consisted of 1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate (pH 4.75). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.7 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→42.6 Å / Num. obs: 101516 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 7 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 14815 / Rpim(I) all: 0.31 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2bw4 解像度: 1.15→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.86 Å2 / Biso mean: 12.301 Å2 / Biso min: 5.24 Å2
| ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.15→38.95 Å
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|