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万見
- PDB-6zpn: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Raptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zpn
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Raptor
要素WD_REPEATS_REGION domain-containing protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / mTOR Complex 1 (MTORC1) / cell growth and metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


TORC1 complex / MTOR
類似検索 - 分子機能
Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / : / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / : / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD_REPEATS_REGION domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Imseng, S. / Boehm, R. / Jakob, R.P. / Hall, M.N. / Hiller, S. / Maier, T.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation159696 スイス
Swiss National Science Foundation179323 スイス
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: The dynamic mechanism of 4E-BP1 recognition and phosphorylation by mTORC1.
著者: Bohm, R. / Imseng, S. / Jakob, R.P. / Hall, M.N. / Maier, T. / Hiller, S.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein
B: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,2752
ポリマ－339,2752
非ポリマー00
水0
1
A: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,6381
ポリマ－169,6381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,6381
ポリマ－169,6381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.306, 183.306, 271.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 216 through 416 or resid 432...
21(chain B and (resid 216 through 239 or resid 244...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 216 through 416 or resid 432...A216 - 416
121(chain A and (resid 216 through 416 or resid 432...A432 - 897
131(chain A and (resid 216 through 416 or resid 432...A939 - 991
141(chain A and (resid 216 through 416 or resid 432...A14
151(chain A and (resid 216 through 416 or resid 432...A1467 - 1501
211(chain B and (resid 216 through 239 or resid 244...B216 - 239
221(chain B and (resid 216 through 239 or resid 244...B244 - 266
231(chain B and (resid 216 through 239 or resid 244...B282 - 588
241(chain B and (resid 216 through 239 or resid 244...B128
251(chain B and (resid 216 through 239 or resid 244...B1286 - 1501

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要素

#1: タンパク質 WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量: 169637.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0014610
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G0S1S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.39 %
結晶化温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.2-5.3 1.75 M NaCl 12 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999989 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.97 Å / Num. obs: 58884 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4557 / CC1/2: 0.367 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
DIALSdata processing
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EF5

5ef5


解像度: 3.5→47.61 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 2957 5.04 %Random selection
Rwork0.228 55702 --
obs0.2288 58659 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 367.52 Å2 / Biso mean: 144.9403 Å2 / Biso min: 10.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→47.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17406 0 0 0 17406
残基数----2158
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6358X-RAY DIFFRACTION13.609TORSIONAL
12B6358X-RAY DIFFRACTION13.609TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.560.40831300.36622628275899
3.56-3.620.33811370.350426152752100
3.62-3.680.45711330.40912582271599
3.68-3.760.3571560.35672597275399
3.76-3.830.30811370.312926332770100
3.83-3.920.37721320.35062557268998
3.92-4.010.37821420.33812586272898
4.01-4.110.24161520.250626162768100
4.11-4.220.22091300.232826392769100
4.22-4.340.27351310.219126452776100
4.34-4.480.24121530.198926312784100
4.48-4.640.21281420.188326422784100
4.64-4.830.16731410.182326662807100
4.83-5.050.22741250.173426522777100
5.05-5.310.19321460.178426592805100
5.31-5.640.23531380.194926762814100
5.64-6.080.22391420.2072664280699
6.08-6.690.22641480.215126802828100
6.69-7.650.25581300.207327412871100
7.65-9.630.17951410.180427522893100
9.63-47.610.2481710.24322841301299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0437-0.0388-0.37670.01790.15540.13670.37260.24440.12150.36040.00980.3392-0.28830.01480.11881.18840.08620.26090.96910.23481.0736.271886.2589123.9338
22.58260.559-0.28753.14170.25980.58490.3439-0.3359-0.24930.9534-0.18870.1015-0.1460.13120.38531.0723-0.0557-0.03860.68360.02520.676732.69981.2573134.889
31.1872-0.4904-1.31990.16470.52761.29930.16910.51460.138-0.2943-0.0121-0.0348-0.0401-0.193601.1070.01940.07021.0842-0.07791.094851.936193.201886.7465
40.435-0.40680.55190.6341-0.77280.88940.46480.18-0.67020.3104-0.3708-0.40170.11340.21990.0380.99460.06960.1540.8261-0.24371.196377.11384.981784.2276
52.12570.3395-0.07720.1088-0.20010.29190.2378-0.16930.5120.0344-0.0715-0.201-0.28310.32510.42371.3426-0.12510.18071.1642-0.14261.460483.4643120.44891.442
60.8862-0.2642-1.4587-0.3644-0.011.5321-0.08140.053-0.0098-0.02360.10520.02720.2496-0.1048-00.8793-0.19310.04430.90440.03330.927817.048564.0041102.0952
71.75980.4443-0.4141.20071.18851.95050.09250.4465-0.0223-0.3917-0.13780.2699-0.1118-0.24920.00010.85520.0833-0.14720.8606-0.05360.860531.683763.141562.3692
81.6886-0.0071-1.64370.6410.03511.5172-0.3903-0.107-1.11750.54880.06410.00880.264-0.33560.03170.9952-0.0098-0.09080.9273-0.3621.351946.169338.946945.9144
93.02640.4512-0.58520.8831-0.13641.1265-0.184-0.2908-0.07830.01970.1413-0.29030.10910.5347-0.09020.95540.1153-0.11781.1516-0.11.131176.752752.081460.5981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 216 through 312 )A216 - 312
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 313 through 699 )A313 - 699
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 700 through 956 )A700 - 956
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 957 through 1117 )A957 - 1117
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1118 through 1502 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 212 through 668 )B212 - 668
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 669 through 840 )B669 - 840
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 841 through 1111 )B841 - 1111
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1112 through 1501 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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