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Yorodumi- PDB-6znw: Methanosaeta concilii ATP citrate lyase (D541A mutant) in complex... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6znw | ||||||
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Title | Methanosaeta concilii ATP citrate lyase (D541A mutant) in complex with (3S)-citryl-CoA. | ||||||
Components |
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Keywords | LYASE / acetyl-CoA production / metabolism / atp citrate lyase / lipogenesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / lyase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanothrix soehngenii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.121 Å | ||||||
Authors | Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2021 Title: Acetyl-CoA is produced by the citrate synthase homology module of ATP-citrate lyase. Authors: Verstraete, K. / Verschueren, K.H.G. / Dansercoer, A. / Savvides, S.N. #1: Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6znw.cif.gz | 427.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6znw.ent.gz | 352.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6znw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6znw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6znw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6z2hC 6hxiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 47307.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanothrix soehngenii (archaea) / Gene: ACLY-A / Plasmid: pET11a-ACLY-A/B / Details (production host): Bicistronic construct / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0W8FB26, ATP citrate synthase |
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#2: Protein | Mass: 69148.570 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Asp541Ala Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: M. concilii ACLY-B fused to a C-terminal hexahistidine tag Source: (gene. exp.) Methanothrix soehngenii (archaea) / Gene: ACLY-B / Plasmid: pET11a-ACLY-A/B / Details (production host): Bicistronic construct / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: ATP citrate synthase |
-Non-polymers , 5 types, 296 molecules
#3: Chemical | ChemComp-FLC / |
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#4: Chemical | ChemComp-MG / |
#5: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#6: Chemical | ChemComp-Q5B / ( |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.02 M xylitol 0.02 M myo-inositol 0.02 M D-(-)-fructose 0.02 M L-rhamnose monohydrate 0.02 M D-sorbitol 0.1 M BES/Triethanolamine pH 7.5 12.5 % PEG4000 20 % 1,2,6-hexanetriol Temp details: Temperature controlled incubator |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen gas cryostream / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.976245 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2020 / Details: Toroidal mirror |
Radiation | Monochromator: Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976245 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→139 Å / Num. obs: 88579 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.0107 / Net I/σ(I): 18.58 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.25 Å / Redundancy: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 13824 / CC1/2: 0.511 / Rrim(I) all: 2.596 / % possible all: 96.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6hxi Resolution: 2.121→79.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.132
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Displacement parameters | Biso mean: 103.91 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.121→79.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.121→2.14 Å
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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