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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zmp | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Chaetomium thermophilum Naa20 in complex with a bisubstrate analogue | |||||||||
要素 |
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キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / N-terminal acetyltransferase / GNAT / catalytic subunit | |||||||||
機能・相同性 | N-acetyltransferase activity / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / CARBOXYMETHYL COENZYME *A / N-terminal acetyltransferase-like protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Layer, D. / Kopp, J. / Sinning, I. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Structural basis of Naa20 activity towards a canonical NatB substrate. 著者: Layer, D. / Kopp, J. / Fontanillo, M. / Kohn, M. / Lapouge, K. / Sinning, I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zmp.cif.gz | 192.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zmp.ent.gz | 151.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zmp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zmp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5k18S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 2 - 191 / Label seq-ID: 2 - 191
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22977.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0066240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGG4 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 506.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: CtNaa20 was concentrated to 20 mg/ml and mixed in a 1:3 molar ratio with CoA-Ac-MDEL. The crystallization drops contained 200 nl protein solution and 200 nl precipitant solution (15 % (v/v) ...詳細: CtNaa20 was concentrated to 20 mg/ml and mixed in a 1:3 molar ratio with CoA-Ac-MDEL. The crystallization drops contained 200 nl protein solution and 200 nl precipitant solution (15 % (v/v) propanol, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M TRIS pH 8.5). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976247 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976247 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→47.42 Å / Num. obs: 67562 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 20.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.306 / Num. unique obs: 3320 / CC1/2: 0.605 / Rpim(I) all: 0.817 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5k18 解像度: 1.57→47.42 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.85 Å2 / Biso mean: 30.9085 Å2 / Biso min: 13.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.57→47.42 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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