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- PDB-6zc5: Human Adenovirus serotype D10 FiberKnob protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zc5
タイトルHuman Adenovirus serotype D10 FiberKnob protein
要素Fiber繊維
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Adenovirus (アデノウイルス) / AdV / HAdV / HAdV-D10 / Ad10 / serotype 10 (血清型) / Fiber (繊維) / Fiber-knob / Fibre (繊維) / knob domain / head (頭) / pIV / protein IV (タンパク質) / Adenoviridae (アデノウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / カプシド / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Baker, A.T. / Mundy, R.M. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
引用ジャーナル: Mol Ther Oncolytics / 年: 2022
タイトル: Development of a low-seroprevalence, alpha v beta 6 integrin-selective virotherapy based on human adenovirus type 10.
著者: Bates, E.A. / Davies, J.A. / Vanova, J. / Nestic, D. / Meniel, V.S. / Koushyar, S. / Cunliffe, T.G. / Mundy, R.M. / Moses, E. / Uusi-Kerttula, H.K. / Baker, A.T. / Cole, D.K. / Majhen, D. / ...著者: Bates, E.A. / Davies, J.A. / Vanova, J. / Nestic, D. / Meniel, V.S. / Koushyar, S. / Cunliffe, T.G. / Mundy, R.M. / Moses, E. / Uusi-Kerttula, H.K. / Baker, A.T. / Cole, D.K. / Majhen, D. / Rizkallah, P.J. / Phesse, T. / Chester, J.D. / Parker, A.L.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber
G: Fiber
H: Fiber
I: Fiber
J: Fiber
K: Fiber
L: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,02012
ポリマ－256,02012
非ポリマー00
水0
1
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0053
ポリマ－64,0053
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22760 Å2
手法PISA
2
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0053
ポリマ－64,0053
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area22930 Å2
手法PISA
3
G: Fiber
H: Fiber
I: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0053
ポリマ－64,0053
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
4
J: Fiber
K: Fiber
L: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0053
ポリマ－64,0053
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.357, 101.357, 326.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Fiber / 繊維 / Fiber protein


分子量: 21335.000 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5BQ05

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 MES, 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.253
11K, H, -L20.254
11-h,-k,l30.245
11-K, -H, -L40.248
反射解像度: 2.5→108.91 Å / Num. obs: 128287 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 741038 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.5462.7663853064400.7321.2313.030.899.3
13.69-108.915.40.06943157970.9930.0330.07622.499.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.28 Å108.91 Å
Translation5.28 Å108.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6STT

6stt


解像度: 2.5→108.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 1.948 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 6341 4.9 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.2206 121851 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 254.22 Å2 / Biso mean: 78.737 Å2 / Biso min: 3.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-63.93 Å20 Å20 Å2
2--63.93 Å20 Å2
3----127.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→108.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17536 0 0 0 17536
残基数----2211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01317950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01716198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.65224408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0961.57537847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.00452199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.80724.638815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.951153036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.681536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.22487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023617
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 400 -
Rwork0.309 9152 -
all-9552 -
obs--98.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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