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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zc5 | ||||||
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タイトル | Human Adenovirus serotype D10 FiberKnob protein | ||||||
![]() | Fiber![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Baker, A.T. / Mundy, R.M. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Development of a low-seroprevalence, alpha v beta 6 integrin-selective virotherapy based on human adenovirus type 10. 著者: Bates, E.A. / Davies, J.A. / Vanova, J. / Nestic, D. / Meniel, V.S. / Koushyar, S. / Cunliffe, T.G. / Mundy, R.M. / Moses, E. / Uusi-Kerttula, H.K. / Baker, A.T. / Cole, D.K. / Majhen, D. / ...著者: Bates, E.A. / Davies, J.A. / Vanova, J. / Nestic, D. / Meniel, V.S. / Koushyar, S. / Cunliffe, T.G. / Mundy, R.M. / Moses, E. / Uusi-Kerttula, H.K. / Baker, A.T. / Cole, D.K. / Majhen, D. / Rizkallah, P.J. / Phesse, T. / Chester, J.D. / Parker, A.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 432.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 357.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 21335.000 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: L5 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 MES, 20% w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.5→108.91 Å / Num. obs: 128287 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 741038 / Scaling rejects: 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6STT 解像度: 2.5→108.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 1.948 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 254.22 Å2 / Biso mean: 78.737 Å2 / Biso min: 3.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→108.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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