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万見
- PDB-6z5n: DnaJB1 JD-GF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z5n
タイトルDnaJB1 JD-GF
要素DnaJ homolog subfamily B member 1
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Molecular Chaperone (シャペロン) / J-domain protein / Hsp40 (Hsp40) / DnaJ (Hsp40)
機能・相同性
機能・相同性情報


先体 / negative regulation of inclusion body assembly / positive regulation of ATP-dependent activity / transcription regulator inhibitor activity / ATPase activator activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase ...先体 / negative regulation of inclusion body assembly / positive regulation of ATP-dependent activity / transcription regulator inhibitor activity / ATPase activator activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / regulation of cellular response to heat / protein folding chaperone / forebrain development / Hsp70 protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MAPK6/MAPK4 signaling / transcription corepressor activity / unfolded protein binding / cellular response to heat / ATPase binding / protein-folding chaperone binding / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / cadherin binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaJ homolog subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / na
データ登録者Avraham-Abayev, M. / London, N. / Rosenzweig, R.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)802001European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: HSP40 proteins use class-specific regulation to drive HSP70 functional diversity.
著者: Faust, O. / Abayev-Avraham, M. / Wentink, A.S. / Maurer, M. / Nillegoda, N.B. / London, N. / Bukau, B. / Rosenzweig, R.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaJ homolog subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2231
ポリマ－12,2231
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6960 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 25000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DnaJ homolog subfamily B member 1 / DnaJ protein homolog 1 / Heat shock 40 kDa protein 1 / Heat shock protein 40 / Human DnaJ protein 1 / hDj-1


分子量: 12223.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNAJB1, DNAJ1, HDJ1, HSPF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25685

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic13D HN(CA)CB
123isotropic13D CBCA(CO)NH
133isotropic13D HN(CO)CA
165isotropic33D 1H-15N NOESY
173isotropic23D (H)CCH-TOCSY
183isotropic23D CCH-TOCSY
294anisotropic3IPAP
1106isotropic23D 13C-edited NOESY
1116isotropic2(Hb)Cb(CgCdCe)He

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution34.0 mM [U-13C; U-15N] DnaJB1 JD-GF, 2.0 mM [U-15N] DnaJB1 JD-GF, 90% H2O/10% D2OB1_GF_H20_190% H2O/10% D2O
solution62.5 mM [U-13C; U-15N] DnaJB1 JD-GF, 100% D2OB1_GF_D2O100% D2O
solution40.4 mM [U-15N] DnaJB1 JD-GF, 90% H2O/10% D2OB1_GF_RDC90% H2O/10% D2O+ 4.2% v/v C12E6PEG/hexanol
solution74.0 mM [U-13C; U-15N] DnaJB1 JD-GF, 2.0 mM [U-15N] DnaJB1 JD-GF, 90% H2O/10% D2OB1_GF_H20_190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
4.0 mMDnaJB1 JD-GF[U-13C; U-15N]3
2.0 mMDnaJB1 JD-GF[U-15N]7
2.5 mMDnaJB1 JD-GF[U-13C; U-15N]6
0.4 mMDnaJB1 JD-GF[U-15N]4
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mMconditions_17.0 1 Pa298 K
2150 mMconditions_27.0 1 Pa298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III10003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: na / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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