PDB-6ywj: Arabidopsis aspartate transcarbamoylase mutant F161A complex with UMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ywj

タイトル

Arabidopsis aspartate transcarbamoylase mutant F161A complex with UMP

要素

PYRB

キーワード

PLANT PROTEIN / Transferase / chloroplast / pyrimidine de novo biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / cellular response to phosphate starvation / amino acid metabolic process / chloroplast stroma / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / chloroplast / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ramon Maiques, S. / Del Cano Ochoa, F. / Bellin, L. / Mohlmann, T.

資金援助

スペイン,

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2016-80570-R	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RTI2018-098084-B-100	スペイン
German Research Foundation (DFG)	Mo 1032/4-1)	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	IRTG 1830	ドイツ

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanisms of feedback inhibition and sequential firing of active sites in plant aspartate transcarbamoylase.
著者: Bellin, L. / Del Cano-Ochoa, F. / Velazquez-Campoy, A. / Mohlmann, T. / Ramon-Maiques, S.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ywj.cif.gz	141 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ywj.ent.gz	105.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ywj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ywj_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ywj_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6ywj_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	6ywj_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ypoSC 6ys6C 6yspC 6yvbC 6yw9C 6yy1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yvb-1 6ypo-2 5nnq-1 5nnn-1 6yy1-1 6yvb-2 1c9y-1 4kwt-d 1oth-1 6ysp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (9) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRB

B: PYRB

ヘテロ分子

75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PYRB

ヘテロ分子

A: PYRB

ヘテロ分子

A: PYRB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SEC-MALS
113 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PYRB

ヘテロ分子

B: PYRB

ヘテロ分子

B: PYRB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SEC-MALS
113 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.343, 104.343, 127.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	PYRB 分子量: 37112.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AXX17_At3g21670 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178VJE3, UniProt: P49077*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP 分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Protein at 5 mg/ml in buffer 20 mM Tris pH 7.0, 0.1 M NaCl, 2% glycerol, 0.2 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP) and with 5 mM UMP. Crystallization solution: 18-22 % PEG3350, 0.1 M ...詳細: Protein at 5 mg/ml in buffer 20 mM Tris pH 7.0, 0.1 M NaCl, 2% glycerol, 0.2 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP) and with 5 mM UMP. Crystallization solution: 18-22 % PEG3350, 0.1 M Na2SO4 and 0.1 M bis-tris pH 6.5 Crystals were cryo-protected by soaking in a solution containing the mother liquor supplemented with 20% glycerol and the 5 mM UMP.

結晶

マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Protein at 5 mg/ml in buffer 20 mM Tris pH 7.0, 0.1 M NaCl, 2% glycerol, 0.2 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP) and with 5 mM UMP. Crystallization solution: 18-22 % PEG3350, 0.1 M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.4827
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.5173

反射

解像度: 2.4→48.304 Å / Num. obs: 30917 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 1.255 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3526 / CC_1/2: 0.629

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YPO

6ypo

解像度: 2.4→48.304 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 3.608 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	1539	4.982 %
R_work	0.1383	-	-
all	0.141	-	-
obs	-	30890	99.977 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.617 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.617 Å²	0 Å²
3-	-	-	-23.234 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.304 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4884	0	54	8	4946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	5012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.784	1.642	6753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.297	1.581	11155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.95	5	621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.096	21.699	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.261	15	929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.435	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	4669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.148	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.353	4.386	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.351	4.385	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.774	6.589	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.774	6.59	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.822	4.74	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.822	4.742	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.847	6.935	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.846	6.935	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.344	50.99	5379
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.343	50.989	5380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.263	126	0.159	2181	X-RAY DIFFRACTION	99.9134
2.462-2.53	0.232	104	0.185	2074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.603	0.255	122	0.164	2052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.248	101	0.153	1983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.226	91	0.16	1945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.868	0.273	104	0.193	1851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.976	0.2	82	0.15	1809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.098	0.212	83	0.154	1756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.098-3.235	0.207	100	0.145	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.235-3.393	0.174	96	0.151	1562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.393-3.576	0.238	66	0.145	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-3.793	0.177	97	0.149	1385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.793-4.054	0.171	78	0.13	1359	X-RAY DIFFRACTION	100
4.054-4.378	0.155	63	0.113	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
4.378-4.795	0.135	56	0.096	1161	X-RAY DIFFRACTION	100
4.795-5.359	0.134	42	0.112	1052	X-RAY DIFFRACTION	100
5.359-6.184	0.213	45	0.129	934	X-RAY DIFFRACTION	100
6.184-7.565	0.192	35	0.131	802	X-RAY DIFFRACTION	100
7.565-10.662	0.119	30	0.104	617	X-RAY DIFFRACTION	100
10.662-48.304	0.21	18	0.186	349	X-RAY DIFFRACTION	98.6559

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関連情報:EMDBヘッダ

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