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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yt7 | ||||||
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タイトル | GLYCOSYLATED KNOB/DUMMY-HOLE FC FRAGMENT | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / BISPECIFIC ANTIBODY FC ENGINEERING / KNOB-INTO-HOLE / FORMAT CHAIN EXCHANGE / FORCE (力 (物理学)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / antigen binding / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 獲得免疫系 / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Kuglstatter, A. / Leibrock, L. / Benz, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Format chain exchange (FORCE) for high-throughput generation of bispecific antibodies in combinatorial binder-format matrices. 著者: Dengl, S. / Mayer, K. / Bormann, F. / Duerr, H. / Hoffmann, E. / Nussbaum, B. / Tischler, M. / Wagner, M. / Kuglstatter, A. / Leibrock, L. / Buldun, C. / Georges, G. / Brinkmann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yt7.cif.gz | 113.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yt7.ent.gz | 85.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yt7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/6yt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/6yt7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 27086.453 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: KNOB-DUMMY PROTEIN (T366W,K370E) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 25400.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HOLE PROTEIN (Y349C,T366S,L368A,Y407V) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857 | ||||
#3: 多糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% (w/v) PEG2000 MME, 0.1M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→74.83 Å / Num. obs: 64377 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.94 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.69 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3224 / CC1/2: 0.7 / Rsym value: 0.542 / % possible all: 61.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HY9 解像度: 1.55→67.11 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.21 Å2 / Biso mean: 36.5367 Å2 / Biso min: 13.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→67.11 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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