[日本語] English
万見
- PDB-6ypv: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB in complex with Fe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ypv
タイトルAlpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB in complex with Fe and AKG after oxygen exposure using FT-SSX methods
要素Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / iron dependent dioxygenase / DNA repait / 2-oxoglutarate (Α-ケトグルタル酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / : ...response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / : / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA修復 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rabe, P. / Beale, J.H. / Lang, P.A. / Dirr, A.S. / Leissing, T.M. / Butryn, A. / Aller, P. / Kamps, J.J.A.G. / Axford, D. / McDonough, M.A. ...Rabe, P. / Beale, J.H. / Lang, P.A. / Dirr, A.S. / Leissing, T.M. / Butryn, A. / Aller, P. / Kamps, J.J.A.G. / Axford, D. / McDonough, M.A. / Orville, A.M. / Owen, R. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N002679/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/S50676X/1 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Anaerobic fixed-target serial crystallography.
著者: Rabe, P. / Beale, J.H. / Butryn, A. / Aller, P. / Dirr, A. / Lang, P.A. / Axford, D.N. / Carr, S.B. / Leissing, T.M. / McDonough, M.A. / Davy, B. / Ebrahim, A. / Orlans, J. / Storm, S.L.S. / ...著者: Rabe, P. / Beale, J.H. / Butryn, A. / Aller, P. / Dirr, A. / Lang, P.A. / Axford, D.N. / Carr, S.B. / Leissing, T.M. / McDonough, M.A. / Davy, B. / Ebrahim, A. / Orlans, J. / Storm, S.L.S. / Orville, A.M. / Schofield, C.J. / Owen, R.L.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3053
ポリマ－24,1041
非ポリマー2022
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.037, 39.107, 40.860
Angle α, β, γ (deg.)78.140, 76.040, 66.510
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB / Alkylated DNA repair protein AlkB / DNA oxidative demethylase AlkB


分子量: 24103.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: alkB, aidD, b2212, JW2200 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05050, DNA oxidative demethylase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode
詳細: 25% w/v PEG 3350, 5% v/v glycerol and 200 mM sodium ormate

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.35 Å / Num. obs: 11994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 23.04 Å2 / CC1/2: 0.874 / R split: 0.333 / Net I/σ(I): 48.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.136 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.795 / Num. unique obs: 593 / CC1/2: 0.414 / R split: 0.617
Serial crystallography measurementCollimation: KB mirrors / Source size: 49 µm2
Serial crystallography sample delivery解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: FixedTarget Chip

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
GDAデータ収集
DIALS1.8データ削減
DIALS1.8データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JHT

4jht


解像度: 2.1→39.35 Å / SU ML: 0.2596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.3511
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 1181 9.99 %
Rwork0.2194 --
obs0.2225 11819 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 11 72 1573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53152142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0146923
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.20.2881510.2851359X-RAY DIFFRACTION99.93
2.2-2.310.34851460.2551316X-RAY DIFFRACTION99.8
2.31-2.460.28951500.25091321X-RAY DIFFRACTION99.86
2.46-2.650.30251460.25431339X-RAY DIFFRACTION99.73
2.65-2.910.26011490.23821308X-RAY DIFFRACTION99.93
2.91-3.330.2531430.21621320X-RAY DIFFRACTION99.86
3.33-4.20.22111490.18631343X-RAY DIFFRACTION100
4.2-39.350.20691470.19231332X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.38909533684-0.7457219638321.827919147533.7456133081.000753441797.47143291825-0.1111680505420.148422593870.236688936262-0.04745412208090.175552880057-0.162722698864-0.533837683658-0.45093765139-0.159980821270.196975111199-0.03136297145660.001121100865690.1690730949610.0889524794820.2228245458592.1326858559113.4821699824-3.17775095925
26.291437268931.96352344089-0.4207935561366.57826952922-0.3511156635880.65413974913-0.0253431409122-0.116432572975-0.17081832942-0.277854004095-0.00827834634131-0.01275370478270.03558589630480.02438786338140.04151341050130.1736315907780.00548465721883-0.03533292430620.130182607886-0.009378754828670.1075437999170.507948196543-8.0339445911-6.84188624177
35.507929880391.21699945988-4.48805258375.96224978317-1.112941692497.910837177560.207815140817-0.698275399339-0.9239492471690.588323093098-0.1900770754590.08066761855630.1843239941-0.09904041766130.05240751608190.332933729339-0.0595755012265-0.06933203314130.2636930708580.1150895728630.2842359778393.06877735741-12.0560156225.81168449049
44.527130773654.63676939627-2.899399881047.64148540885-5.330860205534.38777717190.01855580613420.00387734998457-0.0427509713136-0.382982241810.000960565785976-0.2504075801160.0211337874362-0.06742924435160.02833400035930.1472236466180.02793008089180.02263616990490.155773250091-0.03283986821780.2608083400058.83106052006-14.134558749-3.17205400211
52.00489818786-1.25757165808-0.641911928544.344823660615.462338633457.48083099591-0.1374242730320.09142948943230.567526389648-0.4842704264330.482214364676-0.873402395736-0.4546786082060.508668303053-0.3531958019620.16448515806-0.04002175080530.01155495538840.2038790131610.02031804099410.29967683821912.42553012516.7980027716-4.0476520962
63.47471944505-1.94883771087-0.5659819286243.30194241627-0.8458495476361.70866512848-0.0007615097333760.04323966180150.03723292438410.3332647527170.01488571494-0.4013519770290.1836776968220.255476188772-0.02609217668290.1472690937540.009570381545250.01789444678030.1653493759680.02437256944570.1459317624925.948503273181.387897189930.471339211703
72.15319251353-0.04155597304620.5540316043131.335778971210.7319203083912.07894289692-0.0324966086209-0.2880959746550.001439063014060.09493677625050.08556816352270.0490818488865-0.0102526840582-0.174986087524-0.04334971555450.1806258932580.002509856318460.00818326054460.1759868179090.04588292043160.174581102551-4.274601552123.834273223811.29498119868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 79 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 93 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 94 through 106 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 107 through 123 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 124 through 213 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る