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- PDB-6ypq: Crystal structure of native Phycocyanin from T. elongatus in spac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ypq
タイトルCrystal structure of native Phycocyanin from T. elongatus in spacegroup R32 at 1.29 Angstroms
要素(C-phycocyanin ...) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Native C-Phycocyanin / Antenna protein / light harvesting
機能・相同性
機能・相同性情報


フィコビリソーム / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / グリシン / リシン / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Feiler, C.G. / Falke, S. / Sarrou, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: C-phycocyanin as a highly attractive model system in protein crystallography: unique crystallization properties and packing-diversity screening.
著者: Sarrou, I. / Feiler, C.G. / Falke, S. / Peard, N. / Yefanov, O. / Chapman, H.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8098
ポリマ－35,6732
非ポリマー2,1366
水7,494416
1
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,85348
ポリマ－214,04012
非ポリマー12,81336
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area61840 Å2
ΔGint-514 kcal/mol
Surface area66930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.169, 187.169, 59.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

HOH

21A-647-

HOH

31A-784-

HOH

41B-392-

HOH

51B-463-

HOH

-
要素

-
C-phycocyanin ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: cpcA, tlr1958
発現宿主: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta chain


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: modified residue 72: N4-methylasparagine
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: cpcB, tlr1957
発現宿主: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: P50033

-
非ポリマー , 4種, 422分子

#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン / リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus: 0,1M Amino acids, 0,1M Buffer System 1, 30%v/v P500MME_P20K
PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→48.19 Å / Num. obs: 99233 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 14.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.29→1.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 4327 / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.19 / Rrim(I) all: 0.453 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JBO

1jbo


解像度: 1.29→46.79 Å / SU ML: 0.1249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8619
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1701 1691 1.7 %
Rwork0.1526 --
obs0.1529 99198 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→46.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 154 418 3070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782795
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20283808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.43651045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.29-1.330.27661270.24477368X-RAY DIFFRACTION90.13
1.33-1.370.23561410.20558092X-RAY DIFFRACTION99.18
1.37-1.420.21071410.18898155X-RAY DIFFRACTION99.95
1.42-1.480.19181420.17128170X-RAY DIFFRACTION99.92
1.48-1.540.19991420.15488156X-RAY DIFFRACTION99.92
1.54-1.630.1561410.1498157X-RAY DIFFRACTION99.98
1.63-1.730.18011420.14658186X-RAY DIFFRACTION99.98
1.73-1.860.15861420.14838203X-RAY DIFFRACTION99.98
1.86-2.050.17141420.14838188X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.340.15811420.14178217X-RAY DIFFRACTION99.99
2.34-2.950.1511430.14648244X-RAY DIFFRACTION99.99
2.95-46.790.17151460.15038371X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.96945575909-1.855805137540.01500573605612.14371140663-0.5115781662471.931614262390.0191315254668-0.04137251686350.5520898010290.0755620441046-0.125035206015-0.0149491047294-0.0832910570169-0.03398170750780.1131236829830.1449520001220.0154132483377-0.01095570771390.190059276763-0.02792504200750.365337349411-9.81234107908-23.648804959-5.29325190844
21.89494137373-0.8493120425270.5306876313350.380478469472-0.251570916810.137280072160.05323029069390.0181186518748-0.26645117696-0.0395210569167-0.004562461668270.08248847986160.05207576583060.0813020084772-0.04496023939350.1115509749730.00820033179402-0.003456662279050.133261663777-0.0176847601140.306168225693-34.4919805606-25.6151692918-6.79593073706
30.5919334487640.56516273798-2.052446669241.47697324812-1.389510621287.507410398090.0322261485368-0.1026254622570.263723230147-0.0367261438437-0.01066547029390.249409242338-0.213248543047-0.13023366718-0.0107692339220.1164822820910.0170580160441-0.0216265702620.105906801656-0.02193986345850.302550052441-50.027840253-0.130353038939-7.61032782029
41.02154657238-0.4209469986880.1148320231691.20710271794-0.1282537971210.4696919554280.00777929487102-0.00161984448783-0.0779120180637-0.006368868877830.0114981423304-0.0208338476825-0.01028311255510.0620182274283-0.01677542262650.082498199466-0.00411058999881-0.004671183937180.103248760091-0.02194770842440.218059648577-36.0440146068-14.1000488928-6.07660719533
56.028525485580.445259624208-3.441184154120.8615831396-2.198282131966.523398748161.009071392340.7602241357240.564928543439-0.940958220138-0.454684685925-1.17608990250.1123501432960.0565970350113-0.5868498727850.3018408394160.0352182676324-0.006007441667340.755558170087-0.3873324943040.627712024106-22.0576682758-17.6389132692.2537658572
63.2758506468-1.242075369881.397845255241.72681846868-1.128141030891.105196210160.1034075140480.3729594919760.0177070833818-0.17926311512-0.188215766811-0.269168257750.1086541543480.3517670125590.05557778237710.1263049558390.0368073126232-0.002551346593520.200045324124-0.03913547704060.262792405398-26.3302962816-21.6641135326-18.573664717
74.66173590854-5.238287348382.438739318565.93849755327-2.444845944722.978780643490.4910857118020.317532781481-0.396335662907-0.539479541836-0.221294799657-0.08714641567450.05448184859720.203759513644-0.1709261768070.20933332460.0744722306144-0.04601427392630.238119989303-0.1320397619170.426666356452-27.6164013325-34.360856553-17.0307380046
82.603813687970.164467456836-0.3485392315491.05778022931-0.07394368958010.41421032209-0.01694800444410.279394457767-0.104202540428-0.065559855609-0.03969436590540.00272689926133-0.021095268210.0010003580390.05781947363490.09788217706230.0232411427494-0.01631942088360.181735162023-0.01227307090810.1812877092417.52886693039-32.5309081286-16.5176850696
99.126288096661.00063433819-0.2826166613740.5026519395880.1682426492140.09394472573540.09654533833680.3052393187710.3826325596320.00293492935294-0.04168680491990.0766674195494-0.0736021576156-0.0521079813282-0.05812810491290.1271603651540.03460900268860.01239489502230.1923094078110.0472225319420.2469394121063.61851681103-25.1539887009-13.5799676397
103.075688423930.38150545707-0.4536147377560.666275715061-0.2491538498610.6695032068890.1293007297080.6739559679140.408153317372-0.106675311922-0.03999154050760.155225526309-0.123169137759-0.0452572779081-0.08127210774960.1607543780250.05876514555610.008573514256470.3513752661590.07336572250240.2653568624750.433484245419-24.260637434-21.6070063248
111.5544023781-0.1169135844740.2286920324455.27659305007-2.068002116782.160939093430.0679561880150.589551659426-0.327901535122-0.348512439224-0.1690395042610.03138210275210.1738014828610.09044353215460.1255990572330.1404362907220.0717818097871-0.03905444171190.314133229561-0.09058450830960.280463040574-7.31359366625-37.6452557255-20.0010200733
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 77 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 78 through 174 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 601 through 701 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 20 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 21 through 33 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 34 through 77 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 78 through 101 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 102 through 144 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 145 through 174 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 601 through 601 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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