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- PDB-6yld: Crystal structure of Trichoplax adhaerens trBcl-2L2 bound to trBak BH3 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yld | ||||||
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Title | Crystal structure of Trichoplax adhaerens trBcl-2L2 bound to trBak BH3 | ||||||
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![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of apoptotic process / membrane => GO:0016020 / apoptotic process / ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | D Sa, J. / Banjara, S. / Kvansakul, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Ancient and conserved functional interplay between Bcl-2 family proteins in the mitochondrial pathway of apoptosis. Authors: Popgeorgiev, N. / Sa, J.D. / Jabbour, L. / Banjara, S. / Nguyen, T.T.M. / Akhavan-E-Sabet, A. / Gadet, R. / Ralchev, N. / Manon, S. / Hinds, M.G. / Osigus, H.J. / Schierwater, B. / Humbert, ...Authors: Popgeorgiev, N. / Sa, J.D. / Jabbour, L. / Banjara, S. / Nguyen, T.T.M. / Akhavan-E-Sabet, A. / Gadet, R. / Ralchev, N. / Manon, S. / Hinds, M.G. / Osigus, H.J. / Schierwater, B. / Humbert, P.O. / Rimokh, R. / Gillet, G. / Kvansakul, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 268 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 182.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6yliC ![]() 1pq1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 17845.404 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 2879.081 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 33.6 % / Description: rectangular shaped |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.8, 29 % w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.4→39.81 Å / Num. obs: 56421 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 13.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.42 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.161 / Num. unique obs: 2489 / CC1/2: 0.358 / % possible all: 84 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1PQ1 Resolution: 1.4→30.64 Å / SU ML: 0.205 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 24.4603
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→30.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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