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- PDB-6y86: Active YidC insertase crystal structure with the first transmembr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y86
タイトルActive YidC insertase crystal structure with the first transmembrane domain resolved
要素Membrane protein insertase YidC生体膜
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Insertase and chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane insertase activity / protein insertion into membrane / protein transport / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Membrane insertase YidC / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane protein insertase YidC
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li, X.D. / Nass, K.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Biomembr / 年: 2022
タイトル: The role of the N-terminal amphipathic helix in bacterial YidC: Insights from functional studies, the crystal structure and molecular dynamics simulations.
著者: Nass, K.J. / Ilie, I.M. / Saller, M.J. / Driessen, A.J.M. / Caflisch, A. / Kammerer, R.A. / Li, X.
履歴
登録2020年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein insertase YidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2011
ポリマ－49,2011
非ポリマー00
水0
1
A: Membrane protein insertase YidC

A: Membrane protein insertase YidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4022
ポリマ－98,4022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area1630 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area45830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.590, 122.590, 97.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein insertase YidC / 生体膜 / Foldase YidC / Membrane integrase YidC / Membrane protein YidC


分子量: 49201.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: yidC, TM_1461 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1H2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Bis-Tris, pH5.5, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate with 24% PEG 3350.
PH範囲: 4.6-5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2000年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.55 Å / Num. obs: 10680 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 3.4→20 Å / Num. unique obs: 10052 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2645精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSv1.0データ削減
XDSv1.0データスケーリング
PHASERv1.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: experiment

解像度: 3.4→19.994 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3012 526 4.97 %
Rwork0.2616 --
obs0.2635 10577 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 405.26 Å2 / Biso mean: 156.3716 Å2 / Biso min: 64.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→19.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 0 0 3487
残基数----425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7934871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4742087
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.4-3.74020.3491290.31612458
3.7402-4.27680.31891290.27282458
4.2768-5.37090.27911320.23822510
5.3709-100.30021360.26332625
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.1047 Å / Origin y: -10.5926 Å / Origin z: -24.1688 Å
111213212223313233
T0.8137 Å2-0.0584 Å2-0.0262 Å2-0.623 Å2-0.0123 Å2--0.7774 Å2
L4.3036 °2-0.8762 °2-0.313 °2-2.4323 °20.3281 °2--3.9899 °2
S0.0457 Å °0.4724 Å °-0.1095 Å °-0.3421 Å °-0.0848 Å °-0.4408 Å °-0.0108 Å °0.0558 Å °0.0321 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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