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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y4b | ||||||
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タイトル | Structure of cyclodipeptide synthase from Candidatus Glomeribacter gigasporarum bound to Phe-tRNAPhe | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / cyclodipeptide synthase / tRNA (転移RNA) / Complex | ||||||
機能・相同性 | フェニルアラニン / リボ核酸 / RNA (> 10) / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Candidatus Glomeribacter gigasporarum BEG34 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5 Å | ||||||
データ登録者 | Bourgeois, G. / Mechulam, Y. / Schmitt, E. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2020 タイトル: Structural basis of the interaction between cyclodipeptide synthases and aminoacylated tRNA substrates. 著者: Bourgeois, G. / Seguin, J. / Babin, M. / Gondry, M. / Mechulam, Y. / Schmitt, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y4b.cif.gz | 207.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y4b.ent.gz | 135 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y4b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24519.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: tRNA is aminoacylated, adenosine 76 is bounded to phenylalanine 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34119.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Glomeribacter gigasporarum BEG34 (バクテリア) 遺伝子: CAGGBEG34_30028 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2JBB2 |
#3: 化合物 | ChemComp-PHE / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.84 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10% PEG8000, 0.17 M AcCa, 0.17 M Guanidinium hydrochloride, 0.1 M Hepes pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5→50 Å / Num. obs: 6120 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 33.2 % / Biso Wilson estimate: 214.56 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 5→5.3 Å / 冗長度: 32 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 867 / CC1/2: 0.58 / % possible all: 91.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5MLP 解像度: 5→48.16 Å / SU ML: 1.0625 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.2752 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 139.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5→48.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -80.2336000483 Å / Origin y: 69.1408391067 Å / Origin z: 3.14746588878 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |