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万見

- PDB-6xrr: Structure of SciW bound to the Rhs1 Transmembrane Domain from Sal... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xrr

タイトル

Structure of SciW bound to the Rhs1 Transmembrane Domain from Salmonella typhimurium

要素

Putative cytoplasmic protein細胞質
RHS repeat protein

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) / SciW / Rhs1 /

Salmonella (サルモネラ) /

Type VI secretion /

T6SS

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sachar, K. / Ahmad, S. / Whitney, J.C. / Prehna, G.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for effector transmembrane domain recognition by type VI secretion system chaperones.
著者: Ahmad, S. / Tsang, K.K. / Sachar, K. / Quentin, D. / Tashin, T.M. / Bullen, N.P. / Raunser, S. / McArthur, A.G. / Prehna, G. / Whitney, J.C.

履歴

登録	2020年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xrr.cif.gz	957.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xrr.ent.gz	671.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xrr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xrbC 6xrfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m0l-d 4s0i-1 6ema-d 2scp-d 3qbc-d 4wb5-d 6you-d 6dxw-3 2uw5-d 4o22-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

E: Putative cytoplasmic protein

I: Putative cytoplasmic protein

J: RHS repeat protein

A: Putative cytoplasmic protein

B: Putative cytoplasmic protein

C: RHS repeat protein

D: Putative cytoplasmic protein

F: Putative cytoplasmic protein

G: RHS repeat protein

H: Putative cytoplasmic protein

K: Putative cytoplasmic protein

L: RHS repeat protein

ヘテロ分子

162 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: Putative cytoplasmic protein

I: Putative cytoplasmic protein

J: RHS repeat protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Putative cytoplasmic protein

B: Putative cytoplasmic protein

C: RHS repeat protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

D: Putative cytoplasmic protein

F: Putative cytoplasmic protein

G: RHS repeat protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

H: Putative cytoplasmic protein

K: Putative cytoplasmic protein

L: RHS repeat protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.306, 105.306, 248.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質	Putative cytoplasmic protein / 細胞質分子量: 16611.746 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: STM0290 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CR57
#2: タンパク質	RHS repeat protein 分子量: 6956.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: D8W49_24030, DVZ53_24005 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5X2E0H7, UniProt: A0A0F7J3Q3*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25mg/mL protein, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-TRIS pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→91.2 Å / Num. obs: 126623 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 12473 / CC_1/2: 0.539 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SciW

解像度: 1.9→91.2 Å / SU ML: 0.2265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6234
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2133	6333	5 %
R_work	0.1864	120272	-
obs	0.1877	126605	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→91.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10466	0	60	1119	11645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	10772
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6799	14612
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0453	1620
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1907
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4027	3960

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3419	208	0.3298	3880	X-RAY DIFFRACTION	97.89
1.92-1.94	0.3436	210	0.3023	3980	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.94-1.97	0.2756	205	0.273	3927	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.97-1.99	0.2742	208	0.2584	3995	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.265	211	0.2492	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.04	0.286	208	0.2485	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2738	212	0.243	4019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.247	208	0.2329	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.2413	208	0.2166	3952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.17	0.2401	208	0.2108	3995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.248	210	0.2137	3961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.2476	206	0.21	3993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.227	212	0.2086	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.34	0.2451	213	0.1978	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2251	210	0.2057	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.45	0.2527	206	0.2096	3984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.2403	212	0.2025	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.2243	212	0.1972	3977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.2336	208	0.199	3998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.2319	212	0.2012	3981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.84	0.2176	209	0.1906	4028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.224	212	0.188	4007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.08	0.205	215	0.19	4040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.25	0.2253	210	0.1862	4015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.45	0.2013	213	0.1682	4038	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.71	0.1857	212	0.1541	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.09	0.1853	214	0.1588	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.68	0.159	215	0.1345	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.9	0.1669	218	0.1496	4142	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9-91.2	0.2192	228	0.2	4322	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.38504378581	-2.20838676733	0.112312976189	6.96647131907	4.27741721787	7.9808862014	0.0757064351642	0.418624220858	0.569167212402	-0.306767511	0.105025307939	-0.994917524581	-0.622047546285	0.693643171523	-0.192767243889	0.29965446435	-0.0619642671869	0.00742884331843	0.32782904046	0.125928130613	0.424854878	-14.952230325	24.8990485181	-60.8300559399
2	2.1561623383	-0.52297344079	0.947643875362	1.66262708167	-1.19285477487	2.59878184689	0.0776222141767	0.160254986245	-0.0345471648541	-0.0146058870392	-0.0590347575597	-0.00634627142426	0.0380595145522	0.0212504054168	0.000330662280401	0.257941972995	0.0275010315448	0.017833551611	0.184381581498	-0.00582586774103	0.196032077487	-35.5308256993	27.1553367289	-70.4079978839
3	5.10200011981	0.897793806587	1.78076786159	2.90303356076	1.96317552608	6.14102465691	0.144814441817	0.0182587477982	-0.238233069169	0.248532055462	-0.191113638166	-0.0437375135173	0.183942154323	-0.085310216315	0.151814423686	0.278691654985	0.0645320287451	0.00193413013068	0.195440926919	0.0351108292929	0.196446020706	-38.7126985098	30.0036073285	-70.3811836598
4	2.8295954402	1.03014126367	-2.37978122504	1.46010620982	0.032868501757	3.01528094841	0.1318405472	0.150834866922	-0.0149361694383	-0.0226431272348	-0.128433934907	0.0287520590395	-0.0228657708895	-0.0331502095301	-0.00766087994598	0.26638723545	0.0326153110636	0.00139654281127	0.185027331072	0.0474591934405	0.216364511162	-36.047502964	29.0622799378	-68.0279265547
5	8.88789758499	-1.79031101646	-0.999027913306	2.25739810943	0.369136699003	2.43144543325	-0.0518079189289	-0.221182722192	0.44648358904	0.0622610658289	0.083557956624	-0.0925037932452	-0.101075182569	0.10028989274	0.0421850529975	0.330843872337	0.0203200944722	-0.0159322002171	0.153596213206	0.0131302245827	0.203284842501	-36.7574862882	36.7068148128	-61.1094065999
6	4.52005004157	-3.28349869818	-3.76668408733	8.59937947082	3.04099916732	4.26094395955	-0.332098337293	-0.746183528647	0.309320389918	0.563072876284	0.363587649665	0.397960749526	-0.518685252423	0.0718043946576	-0.0557730884244	0.410483882146	0.0654479651335	-0.0382064540536	0.350590139583	0.0266652750731	0.276963772461	-27.756415474	34.1230978758	-54.6827561904
7	6.17762704961	-2.64006554016	-1.60656221719	4.45516720415	-0.122818675104	4.79618738187	-0.0956515249184	0.388255245986	-0.083705560724	-0.0639705773474	-0.0710562236167	0.0146837432508	0.0354394403109	-0.219651981282	0.237160164291	0.185023085881	-0.0247557117125	-0.0255542504283	0.175833312952	-0.000313507797288	0.201400743571	-24.2920914982	17.9508357069	-59.0276739419
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 22:82)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 83:100)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 101:126)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 127:146)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 1:14)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 15:46)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 47:76)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 77:138)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 139:147)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 8:17)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 18:30)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 31:40)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 41:51)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 52:57)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 1:6)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 7:28)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 29:64)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 65:125)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 126:145)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E and resid 1:14)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain E and resid 15:31)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain E and resid 32:82)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain E and resid 83:126)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain E and resid 127:146)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain F and resid 2:13)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain F and resid 14:32)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain F and resid 33:46)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain F and resid 47:142)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain F and resid 143:146)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain G and resid 16:32)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain G and resid 33:40)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain G and resid 41:46)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain G and resid 47:52)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain G and resid 53:56)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain H and resid 1:6)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain H and resid 7:34)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain H and resid 35:85)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain H and resid 86:124)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain H and resid 125:146)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain I and resid 2:14)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain I and resid 15:46)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain I and resid 47:99)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain I and resid 100:124)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain I and resid 125:145)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain J and resid 8:13)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain J and resid 14:32)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain J and resid 33:49)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain J and resid 50:53)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain J and resid 54:57)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain K and resid 1:6)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain K and resid 7:27)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain K and resid 28:70)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain K and resid 71:77)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain K and resid 78:146)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain L and resid 11:17)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain L and resid 18:24)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain L and resid 25:34)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain L and resid 35:38)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain L and resid 39:56)

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