PDB-6xp3: Structure of human PYCR1 complexed with cyclopentanecarboxylic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xp3

タイトル

Structure of human PYCR1 complexed with cyclopentanecarboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ /

pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress /

ミトコンドリアマトリックス /

ミトコンドリア / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Bogner, A.N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: In crystallo screening for proline analog inhibitors of the proline cycle enzyme PYCR1.
著者: Christensen, E.M. / Bogner, A.N. / Vandekeere, A. / Tam, G.S. / Patel, S.M. / Becker, D.F. / Fendt, S.M. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2020年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xp3.cif.gz	511 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xp3.ent.gz	419.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xp3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xp3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xozC 6xp0C 6xp1C 6xp2C 2izzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xp1-1 6xp2-1 5uaw-1 6xoz-1 2izz-1 6xp0-1 5uat-1 5uav-1 5uau-1 5uax-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

171 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
342 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.702, 178.533, 87.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.850, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-545- HOH
2	1	A-556- HOH
3	1	E-515- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ / P5CR 1 分子量: 34043.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P32322, ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-IQ0 / cyclopentanecarboxylic acid / シクロペンタンカルボン酸分子量: 114.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 200 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 10 mM cyclopentanecarboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% ...詳細: Reservoir contained 200 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 10 mM cyclopentanecarboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200, and 100 mM cyclopentanecarboxylic acid.

結晶

マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.03 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 200 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 10 mM cyclopentanecarboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年2月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→47.18 Å / Num. obs: 116598 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 408772 / Scaling rejects: 448

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.93-1.96	3.5	0.561	20160	5789	0.77	0.35	0.664	1.8	97.6
10.57-47.18	3.6	0.017	2631	735	0.999	0.01	0.02	36.3	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.14	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2IZZ

2izz

解像度: 1.93→47.175 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2188	5709	4.94 %
R_work	0.1891	109862	-
obs	0.1906	115571	95.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.82 Å² / B_iso mean: 34.9694 Å² / B_iso min: 9.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→47.175 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9842	0	36	441	10319
B_iso mean	-	-	37.11	32.39	-
残基数	-	-	-	-	1382

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.93-1.9519	0.3485	162	0.3178	3723	97
1.9519-1.9749	0.314	198	0.2677	3772	99
1.9749-1.999	0.2592	205	0.2281	3778	99
1.999-2.0243	0.2614	203	0.2234	3798	100
2.0243-2.0509	0.381	175	0.3493	3654	95
2.0509-2.079	0.4546	137	0.3939	2983	78
2.079-2.1087	0.263	208	0.2279	3770	99
2.1087-2.1402	0.2397	210	0.1884	3832	100
2.1402-2.1736	0.2511	193	0.1959	3773	99
2.1736-2.2093	0.2235	177	0.2054	3813	99
2.2093-2.2474	0.5427	155	0.4526	2814	74
2.2474-2.2882	0.3328	172	0.2781	3380	87
2.2882-2.3322	0.2158	195	0.1863	3782	100
2.3322-2.3798	0.1874	191	0.168	3839	100
2.3798-2.4316	0.2117	229	0.1723	3764	100
2.4316-2.4882	0.2087	187	0.1765	3779	99
2.4882-2.5504	0.2432	189	0.1744	3633	95
2.5504-2.6193	0.1952	197	0.1676	3818	100
2.6193-2.6964	0.2097	169	0.1912	3445	91
2.6964-2.7834	0.2002	225	0.1707	3780	100
2.7834-2.8829	0.1909	199	0.1737	3803	99
2.8829-2.9983	0.2507	216	0.1812	3808	100
2.9983-3.1347	0.2094	208	0.1702	3813	100
3.1347-3.3	0.1918	168	0.1796	3657	95
3.3-3.5066	0.2028	199	0.1772	3477	91
3.5066-3.7773	0.1831	190	0.1678	3431	91
3.7773-4.1572	0.1841	190	0.1529	3408	89
4.1572-4.7583	0.1591	180	0.1357	3853	100
4.7583-5.993	0.1915	190	0.1719	3843	100
5.993-47.175	0.1566	192	0.1529	3839	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5726	0.1396	0.7453	0.1622	0.0412	2.5008	0.0447	-0.1178	0.0216	0.0742	-0.0406	-0.0469	0.1005	0.1595	0.0042	0.1103	-0.0019	-0.0242	0.1932	-0.0114	0.1867	25.9873	173.5871	24.0881
2	1.1308	0.2463	-0.8703	0.4443	-0.1073	1.8079	0.0769	-0.032	0.0643	-0.1074	-0.0064	-0.1323	-0.2565	0.3719	-0.0551	0.1556	-0.0309	-0.0107	0.2323	-0.0179	0.2035	32.8233	183.2942	-5.9765
3	0.4418	-0.2542	-0.0329	1.1177	-0.1027	1.7513	-0.1341	-0.1612	-0.1416	0.2701	-0.004	0.0383	0.544	0.0001	0.1069	0.3621	0.0495	0.0447	0.1731	0.0227	0.2196	10.2547	139.6942	18.754
4	0.9327	-0.5088	-0.4035	1.057	0.4205	2.004	-0.0266	0.0469	-0.1019	-0.187	0.0062	-0.1782	0.2957	0.5962	0.0035	0.2589	0.1008	0.0236	0.2722	0.0149	0.2264	26.2158	145.3316	-7.7892
5	0.8177	0.2241	-0.6148	1.3468	0.0375	1.4961	0.1805	-0.2925	0.1721	0.3518	-0.104	0.0526	-0.4065	0.1994	-0.0392	0.2559	-0.0562	-0.0001	0.2054	-0.0345	0.2082	0.0503	200.6959	15.8143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and peptide)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and peptide)	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and peptide)	C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and peptide)	D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and peptide)	E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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