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- PDB-6xnw: Crystal structure of V39A mutant of human CEACAM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xnw
タイトルCrystal structure of V39A mutant of human CEACAM1
要素Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CEACAM1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of blood vessel remodeling / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of blood vessel remodeling / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of lipid biosynthetic process / filamin binding / bile acid transmembrane transporter activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / Fibronectin matrix formation / insulin catabolic process / common myeloid progenitor cell proliferation / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / regulation of immune system process / negative regulation of platelet aggregation / bile acid and bile salt transport / negative regulation of vascular permeability / wound healing, spreading of cells / transport vesicle membrane / microvillus membrane / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / blood vessel development / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / lateral plasma membrane / specific granule membrane / regulation of cell migration / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / integrin-mediated signaling pathway / regulation of cell growth / Cell surface interactions at the vascular wall / 接着結合 / negative regulation of protein kinase activity / kinase binding / cellular response to insulin stimulus / cell-cell junction / 遊走 / 細胞結合 / actin binding / protein phosphatase binding / 血管新生 / protein dimerization activity / calmodulin binding / 細胞接着 / apical plasma membrane / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 ...免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gandhi, A.K. / Kim, W.M. / Sun, Z.-Y. / Huang, Y.H. / Bonsor, D. / Petsko, G.A. / Kuchroo, V. / Blumberg, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM) 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the dynamic human CEACAM1 monomer-dimer equilibrium.
著者: Gandhi, A.K. / Sun, Z.J. / Kim, W.M. / Huang, Y.H. / Kondo, Y. / Bonsor, D.A. / Sundberg, E.J. / Wagner, G. / Kuchroo, V.K. / Petsko, G.A. / Blumberg, R.S.
履歴
登録2020年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
C: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
D: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6026
ポリマ－47,4844
非ポリマー1172
水27015
1
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8013
ポリマ－23,7422
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
D: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8013
ポリマ－23,7422
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.440, 91.440, 64.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

NI

21C-201-

NI

-
要素

#1: タンパク質
Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / Biliary glycoprotein 1 / BGP-1


分子量: 11871.117 Da / 分子数: 4 / 変異: V39A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM1, BGP, BGP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13688
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.005 M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 0.005 M Nickel(II) chloride hexahydrate, 0.005 M Cadmium chloride hydrate, 0.005 M Magnesium chloride hexahydrate with 12% w/v Polyethylene glycol ...詳細: 0.005 M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 0.005 M Nickel(II) chloride hexahydrate, 0.005 M Cadmium chloride hydrate, 0.005 M Magnesium chloride hexahydrate with 12% w/v Polyethylene glycol 3,350 in 0.1 M HEPES pH 7.5 buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.35
11-K, -H, -L20.155
11-h,-k,l30.256
11K, H, -L40.24
反射解像度: 1.9→39.59 Å / Num. obs: 47459 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 366913 / Scaling rejects: 134
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.947.61.6752323730480.3040.6421.7941.4100
9.11-39.597.50.06832124310.9960.0260.07318.498.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QXW

4qxw


解像度: 1.9→39.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.1666 / WRfactor Rwork: 0.1306 / FOM work R set: 0.9069 / SU B: 1.237 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.0194 / SU Rfree: 0.0208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1861 2358 5 %RANDOM
Rwork0.1449 ---
obs0.1469 45092 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.42 Å2 / Biso mean: 27.761 Å2 / Biso min: 11.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.75 Å20 Å20 Å2
2--3.75 Å20 Å2
3----7.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3356 0 2 15 3373
Biso mean--21.16 26.28 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0193430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2791.9414668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24237260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3255424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.80525.682176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.12315536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5771512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02828
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 172 -
Rwork0.379 3299 -
all-3471 -
obs--99.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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