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- PDB-6xjl: Structure of the SM protein Vps45 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xjl
タイトルStructure of the SM protein Vps45
要素Vps45
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / MEMBRANE TRAFFICKING / SM PROTEIN / THERMOPHILE (好熱菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / ゴルジ体
類似検索 - 分子機能
Sec1-like, domain 1 / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like, domain 3a / Sec1-like protein / Sec1-like superfamily / Sec1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative vacuolar protein sorting-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Shimamura, G.S. / Allen, F. / Hughson, F.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071574 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM007388 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: The Sec1/Munc18 protein Vps45 holds the Qa-SNARE Tlg2 in an open conformation.
著者: Eisemann, T.J. / Allen, F. / Lau, K. / Shimamura, G.R. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vps45


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6251
ポリマ－71,6251
非ポリマー00
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.489, 93.956, 102.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Vps45 / / Putative vacuolar protein sorting-associated protein


分子量: 71625.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: G0S539
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M potassium bromide, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate pH 6.0, 3% (w/v) polyglycolide, 5% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9782 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 45356 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 209783
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.034.20.70822110.7430.3830.8071.10198.9
2.03-2.074.50.65422160.7810.3430.7411.17899.1
2.07-2.114.50.54122020.8210.2850.6131.11998.9
2.11-2.154.90.47922490.8910.2380.5361.11199.1
2.15-2.24.90.42322160.8990.2110.4741.16199.2
2.2-2.254.80.36322410.9280.1830.4071.1699.4
2.25-2.314.80.31922370.9390.1610.3581.13299.5
2.31-2.374.80.27422490.9550.1390.3081.12799.6
2.37-2.444.70.23122570.9610.1180.261.13299.5
2.44-2.524.50.18722430.9710.0980.2121.12599.8
2.52-2.614.30.15722400.9760.0850.1791.12399.6
2.61-2.714.50.14922690.9810.0780.1691.14999.7
2.71-2.844.90.12622650.9880.0630.1411.13199.8
2.84-2.994.90.10522780.9920.0520.1181.14899.8
2.99-3.174.80.0822630.9950.040.091.06199.9
3.17-3.424.70.0623060.9970.0310.0671.07799.9
3.42-3.764.30.04922940.9970.0260.0561.09199.9
3.76-4.314.50.04123140.9980.0220.0471.01199.9
4.31-5.424.80.03723320.9980.0180.0410.9299.9
5.42-354.30.03524740.9980.0190.040.91299.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→34.65 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 2268 5.01 %
Rwork0.1794 43025 -
obs0.1814 45293 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.18 Å2 / Biso mean: 41.2475 Å2 / Biso min: 15.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→34.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4204 0 0 270 4474
Biso mean---42.95 -
残基数----536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.040.29711380.26152572271097
2.04-2.090.28451430.23672635277899
2.09-2.140.26191320.21112660279299
2.14-2.20.27881310.2022645277699
2.2-2.260.23221550.19262630278599
2.26-2.340.21671490.18926682817100
2.34-2.420.24841310.18832674280599
2.42-2.520.24211460.179326782824100
2.52-2.630.24771360.181226962832100
2.63-2.770.22931320.180526782810100
2.77-2.940.25511550.186526752830100
2.94-3.170.24371260.189427212847100
3.17-3.490.21571400.174527292869100
3.49-3.990.20511550.154227232878100
4-5.030.17661450.146127572902100
5.03-34.650.19691540.193128843038100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28861.0112-0.28782.5083-0.73451.1440.1885-0.2190.0160.3167-0.2250.0924-0.20120.09960.02410.257-0.02490.0020.233-0.00980.1567.09942.563839.6044
21.34430.0962-0.23343.0073-0.30032.0631-0.03560.0263-0.2436-0.1365-0.06430.00010.3761-0.07640.07880.2710.01670.04450.2487-0.03620.21889.05920.83838.0233
32.2163-0.77990.74732.4679-0.83062.10240.03370.16990.06180.0298-0.2122-0.3927-0.06990.46460.13250.2039-0.03080.02870.29430.06850.194418.804211.43720.1741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 235 )A-3 - 235
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 236 through 489 )A236 - 489
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 490 through 609 )A490 - 609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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