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- PDB-6xfj: Crystal structure of the type III secretion pilotin InvH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xfj
タイトルCrystal structure of the type III secretion pilotin InvH
要素Type 3 secretion system pilotinType three secretion system
キーワードPROTEIN TRANSPORT / pilotin / chaperone (シャペロン) / type III secretion / dimer
機能・相同性InvH outer membrane lipoprotein / InvH outer membrane lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / : / SPI-1 type 3 secretion system pilotin
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Majewski, D.D. / Okon, M. / Heinkel, F. / Robb, C.S. / Vuckovic, M. / McIntosh, L.P. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Characterization of the Pilotin-Secretin Complex from the Salmonella enterica Type III Secretion System Using Hybrid Structural Methods.
著者: Majewski, D.D. / Okon, M. / Heinkel, F. / Robb, C.S. / Vuckovic, M. / McIntosh, L.P. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 3 secretion system pilotin
B: Type 3 secretion system pilotin
C: Type 3 secretion system pilotin
D: Type 3 secretion system pilotin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,27439
ポリマ－37,8154
非ポリマー2,46035
水7,296405
1
A: Type 3 secretion system pilotin
B: Type 3 secretion system pilotin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,14920
ポリマ－18,9072
非ポリマー1,24118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area8540 Å2
手法PISA
2
C: Type 3 secretion system pilotin
D: Type 3 secretion system pilotin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,12619
ポリマ－18,9072
非ポリマー1,21817
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.503, 53.183, 56.851
Angle α, β, γ (deg.)107.690, 97.200, 95.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Type 3 secretion system pilotin / Type three secretion system / Invasion lipoprotein invH


分子量: 9453.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: invH, sctG, STM2900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL43
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.45 %
結晶化温度: 303 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: 80 mM cadmium chloride, 20% PEG 300, 400 mM NaCl, 100 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→44.36 Å / Num. obs: 82540 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / Num. unique obs: 7937 / CC1/2: 0.681

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→44.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.969 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 4112 5 %RANDOM
Rwork0.1323 ---
obs0.1341 78427 94.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.77 Å2 / Biso mean: 14.865 Å2 / Biso min: 7.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å20.15 Å21.11 Å2
2---0.37 Å20.74 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→44.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2461 0 37 405 2903
Biso mean--21.28 31.02 -
残基数----307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132671
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9141.6463618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7041.5735738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9955347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.26224.82139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02615535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.917159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02517
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.38135098
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 286 -
Rwork0.25 5605 -
all-5891 -
obs--91.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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