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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xep | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thiamine-monophosphate kinase from Stenotrophomonas maltophilia K279a | ||||||
要素 | Thiamine-monophosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / Stenotrophomonas maltophilia / Thiamine-monophosphate kinase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiamine-phosphate kinase / thiamine-phosphate kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of Thiamine-monophosphate kinase from Stenotrophomonas maltophilia K279a 著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xep.cif.gz | 171.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xep.ent.gz | 111.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/6xep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/6xep | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5cm7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35269.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: thiL, Smlt0731 / プラスミド: StmaA.00980.a.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2FNL5, thiamine-phosphate kinase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Microlytic MCSG-1 screen, condition H10: 25% PEG 3350, 100mM HEPES free acid / Sodium hydroxide pH 7.5: StmaA.17905.a.B1.PW38774 at 19mg/ml. the crystal was soaked for 1h with 2.5mM Thiamine ...詳細: Microlytic MCSG-1 screen, condition H10: 25% PEG 3350, 100mM HEPES free acid / Sodium hydroxide pH 7.5: StmaA.17905.a.B1.PW38774 at 19mg/ml. the crystal was soaked for 1h with 2.5mM Thiamine monophosphate and AMPPNP, neither is visible in the electron density; tray: 315043h10: cryo: soak + 15% EG: puck: jfm9-1. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 29881 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 19.233 % / Biso Wilson estimate: 28.608 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 36.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5cm7 解像度: 1.8→44.41 Å / SU ML: 0.1804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.7076 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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