ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0258精密化 PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング HKL-3000位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.52→27.31 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.969 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.947 / SU B : 3.513 / SU ML : 0.058 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.106 / ESU R Free : 0.088 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2219 1301 4.9 % RANDOM Rwork 0.1697 - - - obs 0.1722 25087 99.89 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 74.87 Å2 / Biso mean : 23.476 Å2 / Biso min : 11.81 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.31 Å2 -0 Å2 0 Å2 2- - 0.31 Å2 -0 Å2 3- - - -0.61 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.52→27.31 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1472 0 0 162 1634 Biso mean - - - 35.63 - 残基数 - - - - 188
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.004 0.013 1525 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.018 1485 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.285 1.656 2027 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.332 1.606 3500 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.144 5 192 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg26.095 26.923 65 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg8.884 15 308 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.056 0.2 190 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.054 0.02 1660 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.053 0.02 268 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr0.78 3 3010
LS精密化 シェル 解像度 : 1.522→1.561 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.268 89 - Rwork 0.202 1791 - all - 1880 - obs - - 99.47 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 10) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.3187 -1.1506 1.5599 3.3768 -3.0442 3.7391 -0.0444 -0.0283 0.1714 0.1983 -0.0041 -0.1231 -0.2595 0.0095 0.0485 0.041 -0.0051 0.0005 0.0013 -0.0024 0.019 11.4405 21.2716 26.5388 2 6.0644 4.5188 3.5935 5.1273 3.0808 3.4186 0.0701 0.0673 -0.4894 0.2016 0.0516 -0.5589 0.3089 0.1611 -0.1217 0.0968 0.0179 -0.0195 0.0141 0.0226 0.1384 18.187 3.4372 31.1721 3 2.0454 0.2361 0.0793 4.9357 -1.2044 3.0076 0.0606 -0.2405 -0.1371 0.3009 0.0125 0.1816 0.0492 -0.134 -0.0731 0.0283 -0.0124 0.0064 0.0368 0.0175 0.019 8.5702 11.7272 34.9154 4 3.5063 -0.2833 1.837 2.8741 -0.3857 2.7218 0.0578 0.1284 -0.046 0.014 -0.0277 -0.2652 -0.122 0.2405 -0.0301 0.0151 -0.016 0.0019 0.032 -0.0093 0.0305 18.0087 18.3148 27.2325 5 5.1112 -2.3484 1.059 8.7968 -2.9866 5.8509 0.1362 0.4955 -0.0987 -0.1851 -0.0904 0.2337 0.0329 0.007 -0.0458 0.0073 0.0112 -0.0071 0.051 -0.0065 0.0078 8.2099 17.582 21.1583 6 1.9161 0.6089 0.4994 3.7563 1.5523 1.3441 0.0133 0.0481 -0.1288 -0.17 -0.0154 0.1941 -0.1067 -0.0571 0.0022 0.0158 -0.0005 -0.0159 0.0142 0.0088 0.0398 -12.5515 10.5436 16.5647 7 2.7806 3.2898 -0.8002 9.0403 -3.7685 1.8524 -0.0835 -0.0635 -0.0726 -0.05 0.0603 0.0079 0.0282 0.0002 0.0232 0.0194 0.0283 0.019 0.0458 0.0371 0.0498 -8.3452 -1.3493 18.314 8 2.2733 0.5116 0.6273 5.8576 2.8001 3.3393 -0.0607 0.1481 -0.1337 -0.4343 0.1787 -0.2114 -0.1296 0.1564 -0.118 0.0364 -0.0154 0.0143 0.0292 0.0007 0.0268 -4.6792 9.6654 11.9968 9 3.7934 0.3112 1.7469 4.6719 -0.5541 3.0325 0.0804 -0.1445 0.1383 0.2664 -0.1587 0.3098 -0.0111 -0.1829 0.0782 0.0182 -0.007 0.0221 0.0263 -0.0132 0.0299 -13.7876 16.0075 21.6754 10 5.195 1.0079 3.3647 2.5532 1.1761 4.51 0.059 0.0176 0.0131 0.0502 -0.0542 0.052 -0.0195 -0.0248 -0.0048 0.009 -0.0067 -0.0021 0.0138 0.0103 0.0142 -11.2664 13.5214 18.5473
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A129 - 139 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A140 - 158 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A159 - 182 4 X-RAY DIFFRACTION 4 A183 - 216 5 X-RAY DIFFRACTION 5 A217 - 222 6 X-RAY DIFFRACTION 6 B129 - 150 7 X-RAY DIFFRACTION 7 B151 - 160 8 X-RAY DIFFRACTION 8 B161 - 183 9 X-RAY DIFFRACTION 9 B184 - 208 10 X-RAY DIFFRACTION 10 B209 - 222