[日本語] English
万見
- PDB-6wqi: Xanthomonas citri Methionyl-tRNA synthetase (apo) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wqi
タイトルXanthomonas citri Methionyl-tRNA synthetase (apo)
要素Methionine--tRNA ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Ligand-free / apo / tRNA (転移RNA) / aminoacylation
機能・相同性
機能・相同性情報


メチオニンtRNAリガーゼ / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / メチオニンtRNAリガーゼ / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. ...Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / メチオニンtRNAリガーゼ / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mercaldi, G.F. / Benedetti, C.E.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)11/20468-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)18/08535-4 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)465440/2014-2 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)14/50880-0 ブラジル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for diaryldiamine selectivity and competition with tRNA in a type 2 methionyl-tRNA synthetase from a Gram-negative bacterium.
著者: Mercaldi, G.F. / Andrade, M.O. / Zanella, J.L. / Cordeiro, A.T. / Benedetti, C.E.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methionine--tRNA ligase
B: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,0044
ポリマ－154,8742
非ポリマー1312
水8,971498
1
A: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5022
ポリマ－77,4371
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5022
ポリマ－77,4371
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.017, 95.253, 84.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 77436.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 株: 306 / 遺伝子: metG, metS, XAC1386 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PMP0, メチオニンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 28 - 32% PEG4000, 0.2 M MgCl2, 0.45 % Polyvinylpyrrolidone K15
PH範囲: 7.9 - 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.83 Å / Num. obs: 76238 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.918 / Num. unique obs: 4423 / CC1/2: 0.574 / Rpim(I) all: 0.609 / Rrim(I) all: 1.107 / % possible all: 95

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7 Å47.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WQ6

6wq6


解像度: 2→47.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.443 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.035
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 3766 4.9 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1874 72445 94.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.49 Å2 / Biso mean: 32.944 Å2 / Biso min: 19.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-44.92 Å20 Å29.17 Å2
2---25.19 Å2-0 Å2
3----19.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8488 0 2 498 8988
Biso mean--33.54 39.88 -
残基数----1094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0138713
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0177950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.64111844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4371.57518368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43851092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.32921.652460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.978151340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2771558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021970
LS精密化 シェル解像度: 1.983→2.035 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 158 -
Rwork0.262 3598 -
all-3756 -
obs--63.22 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る