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- PDB-6wpq: GNYNVF from hnRNPA2-low complexity domain segment, residues 286-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wpq
タイトルGNYNVF from hnRNPA2-low complexity domain segment, residues 286-291, D290V variant
要素Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloidogenic segment / amyloid-like fibril / disease related / multisystem proteinopathy (MSP)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of telomerase RNA reverse transcriptase activity / miRNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / RNA transport / G-quadruplex DNA unwinding / primary miRNA processing / single-stranded telomeric DNA binding / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding ...positive regulation of telomerase RNA reverse transcriptase activity / miRNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / RNA transport / G-quadruplex DNA unwinding / primary miRNA processing / single-stranded telomeric DNA binding / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA transport / カハール体 / mRNA export from nucleus / pre-mRNA intronic binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / 転写後修飾 / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
hnRNP A2/B1, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A2, C-terminal / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, LC domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Lu, J. / Cao, Q. / Hughes, M.P. / Sawaya, M.R. / Boyer, D.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1616265 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG054022 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: CryoEM structure of the low-complexity domain of hnRNPA2 and its conversion to pathogenic amyloid.
著者: Jiahui Lu / Qin Cao / Michael P Hughes / Michael R Sawaya / David R Boyer / Duilio Cascio / David S Eisenberg /
要旨: hnRNPA2 is a human ribonucleoprotein (RNP) involved in RNA metabolism. It forms fibrils both under cellular stress and in mutated form in neurodegenerative conditions. Previous work established that ...hnRNPA2 is a human ribonucleoprotein (RNP) involved in RNA metabolism. It forms fibrils both under cellular stress and in mutated form in neurodegenerative conditions. Previous work established that the C-terminal low-complexity domain (LCD) of hnRNPA2 fibrillizes under stress, and missense mutations in this domain are found in the disease multisystem proteinopathy (MSP). However, little is known at the atomic level about the hnRNPA2 LCD structure that is involved in those processes and how disease mutations cause structural change. Here we present the cryo-electron microscopy (cryoEM) structure of the hnRNPA2 LCD fibril core and demonstrate its capability to form a reversible hydrogel in vitro containing amyloid-like fibrils. Whereas these fibrils, like pathogenic amyloid, are formed from protein chains stacked into β-sheets by backbone hydrogen bonds, they display distinct structural differences: the chains are kinked, enabling non-covalent cross-linking of fibrils and disfavoring formation of pathogenic steric zippers. Both reversibility and energetic calculations suggest these fibrils are less stable than pathogenic amyloid. Moreover, the crystal structure of the disease-mutation-containing segment (D290V) of hnRNPA2 suggests that the replacement fundamentally alters the fibril structure to a more stable energetic state. These findings illuminate how molecular interactions promote protein fibril networks and how mutation can transform fibril structure from functional to a pathogenic form.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7131
ポリマ－7131
非ポリマー00
水543
1
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,12810
ポリマ－7,12810
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_355x-2,y,z1
crystal symmetry operation1_755x+2,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_446-x-1,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_846-x+3,y-1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)4.780, 19.000, 20.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2 / hnRNP A2


分子量: 712.751 Da / 分子数: 1 / 変異: D290V / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22626
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: salt: 0.15M Ammonium Acetate, precipitant: 35% MPD, buffer: 0.1M Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→20.64 Å / Num. obs: 1329 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 5.583 % / Biso Wilson estimate: 9.262 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.918 / Net I/σ(I): 10.45 / Num. measured all: 7420 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.1-1.153.4670.1855.67260180750.9530.21841.7
1.15-1.24.0090.1646.354491811120.9770.18861.9
1.2-1.265.4190.1658.247371441360.9810.18294.4
1.26-1.335.4350.1538.97501421380.9810.1797.2
1.33-1.415.70.1569.837981431400.9770.17297.9
1.41-1.55.5360.1399.916921341250.9810.15393.3
1.5-1.625.6540.12711.147521361330.9770.1497.8
1.62-1.786.5350.11612.7647100990.9920.12699
1.78-1.996.2830.11313.07622101990.9940.12298
1.99-2.36.2860.10613.3161699980.990.11599
2.3-2.816.4550.0813.9949777770.9940.086100
2.81-3.986.1670.114.2337061600.9760.1198.4
3.98-20.646.2160.08714.1823038370.9950.09597.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180808データスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→20.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.992 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.99 / SU B: 0.676 / SU ML: 0.014 / SU R Cruickshank DPI: 0.0245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1038 133 10 %RANDOM
Rwork0.0742 ---
obs0.0772 1196 86.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 9.96 Å2 / Biso mean: 4.822 Å2 / Biso min: 3.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→20.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数51 0 0 3 54
Biso mean---7.3 -
残基数----6
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8221.67470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6571.6596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.88655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.314254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg3.692155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.25
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0218
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.667396
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.45952
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.535596
LS精密化 シェル解像度: 1.103→1.132 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 4 -
Rwork0.123 38 -
all-42 -
obs--36.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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