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- PDB-6wl5: Crystal structure of EcmrR C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wl5
タイトルCrystal structure of EcmrR C-terminal domain
要素EcmrR transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcriptional factor (転写因子)
機能・相同性CETYL-TRIMETHYL-AMMONIUM
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Yang, Y. / Liu, C. / Liu, B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural visualization of transcription activated by a multidrug-sensing MerR family regulator.
著者: Yang Yang / Chang Liu / Wei Zhou / Wei Shi / Ming Chen / Baoyue Zhang / David G Schatz / Yangbo Hu / Bin Liu /
要旨: Bacterial RNA polymerase (RNAP) holoenzyme initiates transcription by recognizing the conserved -35 and -10 promoter elements that are optimally separated by a 17-bp spacer. The MerR family of ...Bacterial RNA polymerase (RNAP) holoenzyme initiates transcription by recognizing the conserved -35 and -10 promoter elements that are optimally separated by a 17-bp spacer. The MerR family of transcriptional regulators activate suboptimal 19-20 bp spacer promoters in response to myriad cellular signals, ranging from heavy metals to drug-like compounds. The regulation of transcription by MerR family regulators is not fully understood. Here we report one crystal structure of a multidrug-sensing MerR family regulator EcmrR and nine cryo-electron microscopy structures that capture the EcmrR-dependent transcription process from promoter opening to initial transcription to RNA elongation. These structures reveal that EcmrR is a dual ligand-binding factor that reshapes the suboptimal 19-bp spacer DNA to enable optimal promoter recognition, sustains promoter remodeling to stabilize initial transcribing complexes, and finally dissociates from the promoter to reverse DNA remodeling and facilitate the transition to elongation. Our findings yield a comprehensive model for transcription regulation by MerR family factors and provide insights into the transition from transcription initiation to elongation.
履歴
登録2020年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EcmrR transcriptional regulator
B: EcmrR transcriptional regulator
C: EcmrR transcriptional regulator
D: EcmrR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,51930
ポリマ－73,4644
非ポリマー4,05626
水17,457969
1
A: EcmrR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5018
ポリマ－18,3661
非ポリマー1,1357
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EcmrR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2137
ポリマ－18,3661
非ポリマー8476
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: EcmrR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5318
ポリマ－18,3661
非ポリマー1,1657
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: EcmrR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2737
ポリマ－18,3661
非ポリマー9076
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)212.393, 42.419, 115.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
EcmrR transcriptional regulator


分子量: 18365.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 995分子

#2: 化合物
ChemComp-16A / CETYL-TRIMETHYL-AMMONIUM / セチルトリメチルアンモニウム


分子量: 284.543 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H42N
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5 M sodium chloride, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M cetyltrimethylammonium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→103.21 Å / Num. obs: 178379 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 17848 / CC1/2: 0.707 / Rpim(I) all: 0.382 / Rrim(I) all: 0.715 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.4→102.93 Å / SU ML: 0.1351 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.8585
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1728 8912 5 %
Rwork0.142 --
obs0.1435 178280 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→102.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5148 0 259 969 6376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01375880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46827966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0961829
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00921011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0142301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.28043000.22535707X-RAY DIFFRACTION99.22
1.42-1.430.26872920.21445556X-RAY DIFFRACTION99.17
1.43-1.450.2612990.20565690X-RAY DIFFRACTION99.27
1.45-1.470.23933000.19085711X-RAY DIFFRACTION99.09
1.47-1.490.2382920.1885563X-RAY DIFFRACTION98.7
1.49-1.510.22762990.17245663X-RAY DIFFRACTION98.87
1.51-1.530.21882940.18235594X-RAY DIFFRACTION97.97
1.53-1.550.22912940.17015575X-RAY DIFFRACTION98.46
1.55-1.580.22252980.15875661X-RAY DIFFRACTION98.51
1.58-1.60.18682910.14135539X-RAY DIFFRACTION97.85
1.6-1.630.1812980.13265677X-RAY DIFFRACTION97.85
1.63-1.660.1842830.13335392X-RAY DIFFRACTION95.55
1.66-1.690.16623010.1235715X-RAY DIFFRACTION99.05
1.69-1.730.16192970.1175644X-RAY DIFFRACTION99.5
1.73-1.760.17193020.12055739X-RAY DIFFRACTION99.77
1.76-1.80.17682970.12175647X-RAY DIFFRACTION99.33
1.8-1.850.15423000.12245684X-RAY DIFFRACTION99.39
1.85-1.90.17212990.12385693X-RAY DIFFRACTION98.96
1.9-1.960.1572940.12555579X-RAY DIFFRACTION98.03
1.96-2.020.17093000.12565690X-RAY DIFFRACTION98.47
2.02-2.090.1632930.13025563X-RAY DIFFRACTION97.5
2.09-2.180.15362960.12415624X-RAY DIFFRACTION97.63
2.18-2.270.162860.12165437X-RAY DIFFRACTION94.63
2.27-2.390.15222910.11995535X-RAY DIFFRACTION96.25
2.39-2.540.16893030.13775754X-RAY DIFFRACTION99.7
2.54-2.740.16693010.13565716X-RAY DIFFRACTION99.13
2.74-3.020.15133050.13935797X-RAY DIFFRACTION99.27
3.02-3.450.15893020.14265723X-RAY DIFFRACTION98.93
3.45-4.350.16462930.13735580X-RAY DIFFRACTION95.22
4.35-102.930.1863120.18155920X-RAY DIFFRACTION98.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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