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万見
- PDB-6wk9: Crystal structure of Gdx-Clo from Small Multidrug Resistance fami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wk9
タイトルCrystal structure of Gdx-Clo from Small Multidrug Resistance family of transporters in complex with octylguanidinium
要素
  • L10 monobody
  • Multidrug resistance protein, SMR family多剤耐性
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Small Multidrug Resistance transporters / EmrE homologue / guanidinium transporter / dual topology protein (双対位相)
機能・相同性Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein / transmembrane transporter activity / 細胞膜 / N-octylguanidine / Multidrug resistance protein, SMR family
機能・相同性情報
生物種Clostridiales bacterium oral taxon 876 str. F0540 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Kermani, A.A. / Stockbridge, R.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM128768 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The structural basis of promiscuity in small multidrug resistance transporters.
著者: Kermani, A.A. / Macdonald, C.B. / Burata, O.E. / Ben Koff, B. / Koide, A. / Denbaum, E. / Koide, S. / Stockbridge, R.B.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Multidrug resistance protein, SMR family
A: Multidrug resistance protein, SMR family
C: L10 monobody
D: L10 monobody
F: Multidrug resistance protein, SMR family
E: Multidrug resistance protein, SMR family
G: L10 monobody
H: L10 monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,91023
ポリマ－85,0958
非ポリマー3,81415
水97354
1
B: Multidrug resistance protein, SMR family
A: Multidrug resistance protein, SMR family
C: L10 monobody
D: L10 monobody
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, We observe a single dominant peak on the FPLC chromatogram corresponding to a Gdx-Clo dimer, cross-linking, see the following paper for details: Kermani, et al. Guanidinium ...根拠: gel filtration, We observe a single dominant peak on the FPLC chromatogram corresponding to a Gdx-Clo dimer, cross-linking, see the following paper for details: Kermani, et al. Guanidinium export is the primal function of SMR family transporters. Proceedings of the National Academy of Sciences 115, 3060-3065 (2018).
  • 44.5 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,54012
ポリマ－42,5484
非ポリマー1,9938
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Multidrug resistance protein, SMR family
E: Multidrug resistance protein, SMR family
G: L10 monobody
H: L10 monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,36911
ポリマ－42,5484
非ポリマー1,8227
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.042, 75.828, 109.123
Angle α, β, γ (deg.)92.540, 90.040, 109.630
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Multidrug resistance protein, SMR family / 多剤耐性


分子量: 11341.865 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridiales bacterium oral taxon 876 str. F0540 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1982_00479 / プラスミド: pET-21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U2EQ00
#2: 抗体
L10 monobody


分子量: 9931.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-U4G / N-octylguanidine / 1-オクチルグアニジン


分子量: 171.283 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H21N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 33% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9183 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→109 Å / Num. obs: 25091 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Num. unique obs: 1255 / CC1/2: 0.913 / Rpim(I) all: 0.225 / Rrim(I) all: 0.442

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SHELX位相決定
SHARP位相決定
STARANISOデータ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.32→33.01 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 41.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 1325 5.3 %
Rwork0.2457 23670 -
obs0.2478 24995 37.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.47 Å2 / Biso mean: 34.9191 Å2 / Biso min: 2.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→33.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5944 0 264 54 6262
Biso mean--50.75 28.99 -
残基数----774
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.32-2.410.473410.30362425
2.42-2.530.404100.3371161262
2.53-2.660.3072460.30525816279
2.66-2.830.3209690.30481166123517
2.83-3.040.29151020.30061646174824
3.04-3.350.3471610.2782551271237
3.35-3.830.28782050.25014572477765
3.83-4.830.28394370.22226592702995
4.83-33.010.26622940.24996422671691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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