+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wjc | ||||||
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Title | Muscarinic acetylcholine receptor 1 - muscarinic toxin 7 complex | ||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / GPCR / natural toxin | ||||||
Function / homology | Function and homology information saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / receptor antagonist activity / Muscarinic acetylcholine receptors / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / neuromuscular synaptic transmission / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway ...saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / receptor antagonist activity / Muscarinic acetylcholine receptors / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / neuromuscular synaptic transmission / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport / phosphatidylinositol phospholipase C activity / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / regulation of locomotion / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / regulation of postsynaptic membrane potential / axon terminus / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cognition / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / presynaptic membrane / lysozyme activity / nervous system development / toxin activity / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / signal transduction / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Enterobacteria phage T4 (virus) Dendroaspis angusticeps (eastern green mamba) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Maeda, S. / Kobilka, B.K. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Science / Year: 2020 Title: Structure and selectivity engineering of the M1muscarinic receptor toxin complex. Authors: Maeda, S. / Xu, J. / N Kadji, F.M. / Clark, M.J. / Zhao, J. / Tsutsumi, N. / Aoki, J. / Sunahara, R.K. / Inoue, A. / Garcia, K.C. / Kobilka, B.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wjc.cif.gz | 231.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wjc.ent.gz | 184.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wjc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 56907.172 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human), (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus) Gene: CHRM1, e, T4Tp126 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P11229, UniProt: D9IEF7, lysozyme |
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#2: Protein | Mass: 7787.850 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Dendroaspis angusticeps (eastern green mamba) Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q8QGR0 |
-Non-polymers , 4 types, 13 molecules
#3: Chemical | ChemComp-ACM / | ||||
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#4: Chemical | ChemComp-Y01 / #5: Chemical | ChemComp-OIN / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 22-27% SOKALAN, HEPES(7.5), 0.1M NaCl |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.033 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.55→46.31 Å / Num. obs: 44412 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 149894 / Scaling rejects: 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5CXV, 2VLW Resolution: 2.55→44.11 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 40.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 229.03 Å2 / Biso mean: 123.9659 Å2 / Biso min: 58.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.55→44.11 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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