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- PDB-6wfj: Crystal structures of human E-NPP 1: apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wfj
タイトルCrystal structures of human E-NPP 1: apo
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / human E-NPP 1 / drug discovery (創薬) / inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism ...GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / negative regulation of protein autophosphorylation / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / intracellular phosphate ion homeostasis / nucleic acid metabolic process / sequestering of triglyceride / ATP diphosphatase activity / negative regulation of glycogen biosynthetic process / phosphate ion homeostasis / negative regulation of bone mineralization / melanocyte differentiation / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / negative regulation of glucose import / regulation of bone mineralization / phosphate-containing compound metabolic process / exonuclease activity / polysaccharide binding / response to ATP / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / phosphatase activity / : / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / ATP metabolic process / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / insulin receptor binding / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / 遺伝子発現 / basolateral plasma membrane / nucleic acid binding / 免疫応答 / lysosomal membrane / calcium ion binding / 細胞膜 / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Peat, T.S. / Dennis, M. / Newman, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Other government オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of human ENPP1 in apo and bound forms.
著者: Dennis, M.L. / Newman, J. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Surjadi, R.N. / Nuttall, S.D. / Pham, T. / Nebl, T. / Camerino, M. / Khoo, P.S. / Monahan, B.J. / Peat, T.S.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AcA: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
BcB: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,25923
ポリマ－210,2752
非ポリマー4,98421
水3,855214
1
AcA: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,08813
ポリマ－105,1371
非ポリマー2,95012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BcB: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,17110
ポリマ－105,1371
非ポリマー2,0349
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.951, 159.687, 209.245
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AcABcB

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1 / E-NPP 1 / Membrane component chromosome 6 surface marker 1 / Phosphodiesterase I/nucleotide ...E-NPP 1 / Membrane component chromosome 6 surface marker 1 / Phosphodiesterase I/nucleotide pyrophosphatase 1 / Plasma-cell membrane glycoprotein PC-1


分子量: 105137.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENPP1, M6S1, NPPS, PC1, PDNP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P22413, phosphodiesterase I, nucleotide diphosphatase

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糖 , 5種, 9分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 226分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#10: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#11: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 7.5 mg/mL protein against 19-22% PEG4000, 240-270 mM trilithium/triammonium/tripotassium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.487 Å / Num. obs: 96772 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4657 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.567

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6WET

6wet


解像度: 2.5→47.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 8.407 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.215 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 4841 5.007 %
Rwork0.1994 91848 -
all0.201 --
obs-96689 99.851 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 60.345 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.03 Å20 Å20 Å2
2--1.996 Å2-0 Å2
3----4.025 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12750 0 311 214 13275
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01313513
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.67718422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2181.59527617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg22.9675.6511706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68422.582639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13152051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1361564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22459
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1750.210799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.26356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.25872
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0440.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1170.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0710.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0916.4986470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.096.4976469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0129.7368084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0129.7378085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3576.7897043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3576.7897044
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.50510.07910338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.50510.0810339
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.137119.73955028
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.14119.7954961
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0930.0524820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.5650.3363640.3246633X-RAY DIFFRACTION99.6156
2.565-2.6350.3033230.2976551X-RAY DIFFRACTION99.6665
2.635-2.7120.2793240.2766397X-RAY DIFFRACTION99.7033
2.712-2.7950.2923470.2516143X-RAY DIFFRACTION99.7848
2.795-2.8870.2543310.2355997X-RAY DIFFRACTION99.8422
2.887-2.9880.2412960.2235832X-RAY DIFFRACTION99.8533
2.988-3.1010.2543230.2145609X-RAY DIFFRACTION99.9158
3.101-3.2270.2613030.2165375X-RAY DIFFRACTION99.9296
3.227-3.370.2422780.2085204X-RAY DIFFRACTION99.9453
3.37-3.5350.2322440.2075008X-RAY DIFFRACTION99.9429
3.535-3.7260.232450.1934732X-RAY DIFFRACTION100
3.726-3.9520.1842400.1714526X-RAY DIFFRACTION99.979
3.952-4.2240.1931830.1634268X-RAY DIFFRACTION100
4.224-4.5620.1711910.1513971X-RAY DIFFRACTION100
4.562-4.9970.1731970.1443672X-RAY DIFFRACTION100
4.997-5.5860.211790.1793311X-RAY DIFFRACTION100
5.586-6.4480.2581650.2022954X-RAY DIFFRACTION100
6.448-7.8920.1921310.1892516X-RAY DIFFRACTION100
7.892-11.1390.1811150.1641994X-RAY DIFFRACTION100
11.139-47.440.208620.2881155X-RAY DIFFRACTION97.9871

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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