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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wev | ||||||
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タイトル | Crystal structures of human E-NPP 1: bound to N-{[1-(6,7-dimethoxy-5,8-dihydroquinazolin-4-yl)piperidin-4-yl]methyl}sulfuric diamide | ||||||
要素 | Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / human E-NPP 1 / drug discovery (創薬) / inhibitors / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism ...GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleotide diphosphatase / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / intracellular phosphate ion homeostasis / negative regulation of protein autophosphorylation / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleic acid metabolic process / sequestering of triglyceride / ATP diphosphatase activity / negative regulation of glycogen biosynthetic process / phosphate ion homeostasis / negative regulation of bone mineralization / melanocyte differentiation / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / negative regulation of glucose import / regulation of bone mineralization / phosphate-containing compound metabolic process / exonuclease activity / negative regulation of fat cell differentiation / polysaccharide binding / response to ATP / bone mineralization / phosphatase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / response to inorganic substance / ATP metabolic process / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / insulin receptor binding / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / 遺伝子発現 / basolateral plasma membrane / nucleic acid binding / 免疫応答 / lysosomal membrane / calcium ion binding / 細胞膜 / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Peat, T.S. / Dennis, M. / Newman, J. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Crystal structures of human ENPP1 in apo and bound forms. 著者: Dennis, M.L. / Newman, J. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Surjadi, R.N. / Nuttall, S.D. / Pham, T. / Nebl, T. / Camerino, M. / Khoo, P.S. / Monahan, B.J. / Peat, T.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wev.cif.gz | 354 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wev.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6wev.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6wev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6wev | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AbABbB
#1: タンパク質 | 分子量: 105058.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENPP1, M6S1, NPPS, PC1, PDNP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P22413, phosphodiesterase I, nucleotide diphosphatase |
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-糖 , 4種, 7分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | #7: 糖 | |
-非ポリマー , 5種, 28分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CA / | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.23 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 7.5 mg/mL protein against 19-22% PEG4000, 240-270 mM trilithium/triammonium/tripotassium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953736 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953736 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→47.322 Å / Num. obs: 61713 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4478 / CC1/2: 0.569 / Rpim(I) all: 0.74 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6WET 解像度: 2.9→47.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 16.889 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.897 / ESU R Free: 0.353 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.639 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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