PDB-6wan: Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain conta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wan

タイトル

Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain containing receptor with the cyclic trinucleotide 3'3'3'-cAAA

要素

Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)
SAVED domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

nuclease (ヌクレアーゼ) / DUF4297 / SAVED /

CARF / phage immunity

機能・相同性

機能・相同性情報

endonuclease activity / defense response to virus /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

nucleotide binding /

DNA binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Antine, S.P. / Cabrera, V. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: CBASS Immunity Uses CARF-Related Effectors to Sense 3'-5'- and 2'-5'-Linked Cyclic Oligonucleotide Signals and Protect Bacteria from Phage Infection.
著者: Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Mathews, I.T. / Antine, S.P. / Cabrera, V.J. / Kashin, D. / Niemann, P. / Jain, M. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / ...

履歴

登録	2020年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wan.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wan.ent.gz	868.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wan.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wan	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vm5C 6vm6SC 6wamC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wam-2 6vm6-3 6vm6-2 6vm6-4 6wam-1 6vm6-1 6wam-6 6wam-4 3foa-1 6vm6-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAVED domain-containing protein

B: SAVED domain-containing protein

C: SAVED domain-containing protein

D: SAVED domain-containing protein

E: SAVED domain-containing protein

F: SAVED domain-containing protein

G: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

H: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

I: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

J: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

K: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

L: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

ヘテロ分子

319 kDa, 12 ポリマー
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1

A: SAVED domain-containing protein

G: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: SAVED domain-containing protein

H: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: SAVED domain-containing protein

I: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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4

D: SAVED domain-containing protein

J: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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5

E: SAVED domain-containing protein

K: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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6

F: SAVED domain-containing protein

L: Cyclic RNA (R(P*AP*AP*A)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.498, 111.184, 163.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.360, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	SAVED domain-containing protein / Cap4 分子量: 52209.676 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: HMPREF0023_0548 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0VHC9
#2: RNA鎖	Cyclic RNA (R(PAPAPA) / 3'3'3'-cAAA 分子量: 942.660 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 16% PEG-3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→38.8 Å / Num. obs: 145531 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 50.81 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 13668 / CC_1/2: 0.428

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VM6

6vm6

解像度: 2.4→38.8 Å / SU ML: 0.288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0235

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	2000	1.38 %
R_work	0.2078	-	-
obs	0.2082	145186	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20894	0	426	492	21812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	21808
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6048	29575
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0422	3278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	3719
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7772	7846

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.3328	131	0.3048	9384	X-RAY DIFFRACTION	91.11
2.46-2.53	0.3641	143	0.2903	10246	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.53-2.6	0.3176	144	0.2872	10255	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.6-2.68	0.3605	142	0.2652	10226	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.68-2.78	0.324	144	0.2545	10305	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.78-2.89	0.2847	143	0.2439	10252	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.89-3.02	0.2434	143	0.2358	10230	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.02-3.18	0.2522	142	0.2366	10127	X-RAY DIFFRACTION	98.13
3.18-3.38	0.2599	144	0.2266	10298	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.38-3.64	0.2492	145	0.2175	10354	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.64-4.01	0.2443	143	0.1946	10291	X-RAY DIFFRACTION	99.63
4.01-4.59	0.1984	144	0.1732	10326	X-RAY DIFFRACTION	99.37
4.59-5.78	0.209	145	0.182	10374	X-RAY DIFFRACTION	99.82
5.78-38.8	0.1918	147	0.1738	10518	X-RAY DIFFRACTION	99.34

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.169260378561	0.14659365163	-0.166749615007	0.259798308403	0.104585255399	0.171884436808	0.00874160847957	0.0483941019057	-0.0183816606237	0.00800619725182	0.0249253162706	0.0345127644756	0.0378902117703	-0.0854853333875	-1.79727181199E-10	0.307984708615	-0.0139184724026	0.0268236728385	0.399101194253	0.00874268824129	0.334853530407	-12.5060904042	18.6998106499	49.8807173042
2	0.147697767099	-0.189688932349	-0.111835734135	0.0864316231633	-0.101331607376	0.278848124884	0.0508402487977	0.0419497761904	-0.0143406738645	0.0803186313905	-0.0782392877807	0.0970398544423	0.0339875761133	0.0305936718564	3.97072158042E-9	0.426471696721	-0.084369422058	0.0251482856666	0.334313982579	0.0171430309761	0.363898273961	-3.3683923681	26.899670778	76.2675085272
3	0.128340381892	0.134155665154	0.0748469439424	0.194121921825	-0.0546448032678	0.185321637013	-0.152707228197	-0.0598731150227	0.0714803248962	0.448419306855	0.120683952028	-0.131500004934	-0.122062465727	0.172473292506	-1.88230982461E-9	0.627970971256	-0.131106730086	-0.0734132262416	0.493603832842	-0.0164393889056	0.364917198766	10.2106267425	24.3188173142	95.0050245108
4	0.16886419209	0.0614519246966	0.207303110854	0.319703882384	-0.0820496586788	0.139593505493	-0.0174140760718	0.0918398745605	0.0277152140557	-0.0159961787867	0.0589453690544	-0.110755445205	-0.0189038694348	-0.0117958842867	8.36008378579E-10	0.308858480985	-0.0078856202615	0.047918928148	0.389430778857	-0.0628993164309	0.392551977668	36.170335461	20.7552892016	21.0677650734
5	0.136079224237	-0.0461629682253	0.130561595114	-0.0724744072531	0.0444245728888	0.0491074723192	0.0338079118831	0.0102537567252	-0.0146450699836	-0.12012347538	-0.0335990944416	0.0504942457795	-0.0287059541903	0.0560166735071	5.44459671087E-9	0.301808559333	0.00375347963456	-0.0144478446483	0.344808649376	-0.0282514628463	0.480771420166	51.3233777227	14.1955523683	41.1577952726
6	0.145226816471	0.126204341785	-0.0125983439959	0.284932854277	-0.106325574103	0.070113497912	0.119866162708	-0.0283625241816	-0.0821510125707	0.119257764407	0.0257776389402	-0.443647599711	0.108884356355	-0.00885487093986	6.03783802737E-9	0.44361866652	-0.00654193516923	-0.0583312446372	0.605065005852	0.0414311119526	0.68705787477	68.8818112482	16.1117035945	59.8670366741
7	0.0889529593816	0.00134378349843	0.123612873917	0.0283218153068	-0.0734527091008	0.168642587322	0.0618239370339	-0.0579883748288	-0.0778966652794	0.316972577047	-0.0134342569135	-0.288469504704	0.0748711406659	-0.0818821662998	4.95639546115E-8	0.313561942632	-0.0105965181251	-0.0592312152363	0.391302941744	0.0370785579422	0.539568427697	62.3225109912	14.9614530637	59.9653459531
8	0.110101017719	0.117727536539	-0.0753633813699	0.038687069986	-0.0495296340835	0.121053372092	0.0409748574238	0.0133753419318	0.0679929070169	0.0232144425061	0.00449196693232	-0.0290564520304	0.0398292055782	-0.0372007432961	5.94143400009E-9	0.358518659909	0.0534663541579	0.0130316402385	0.372961770577	0.00730137379274	0.32755263334	5.78761621905	41.3238225596	29.9010589083
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10	0.226493510596	-0.279559317881	-0.0148721539901	0.249050136515	-0.212826917175	0.298805013849	0.089043776098	0.042306058781	-0.0168986163614	-0.0669249216062	-0.0402203283991	-0.00982640239857	0.0505558972292	-0.0462271753903	4.69993887273E-10	0.376289815453	-0.00451956777145	0.0120954533073	0.401498614155	0.00899340871745	0.272620936042	2.58828763045	30.1247717083	5.13806211456
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 209 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 210 through 342 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 343 through 462 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 14 through 209 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 210 through 318 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 319 through 393 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 394 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 14 through 133 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 134 through 189 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 190 through 342 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 343 through 462 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 14 through 133 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 134 through 209 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 210 through 330 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 331 through 462 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 15 through 91 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 92 through 133 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 134 through 209 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 210 through 342 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 343 through 462 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 14 through 172 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 173 through 209 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 210 through 361 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 362 through 395 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 396 through 461 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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