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- PDB-6w52: Prefusion RSV F bound by neutralizing antibody RSB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w52
タイトルPrefusion RSV F bound by neutralizing antibody RSB1
要素
  • Fusion glycoprotein F0
  • Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
  • RSB1 Fab Heavy Chain
  • RSB1 Fab Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / RSV / antibody (抗体) / neutralization / prefusion / vaccine (ワクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fibritin / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (RSウイルス)
Escherichia phage T2 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Harshbarger, W. / Chandramouli, S. / Malito, M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Convergent structural features of respiratory syncytial virus neutralizing antibodies and plasticity of the site V epitope on prefusion F.
著者: Harshbarger, W. / Tian, S. / Wahome, N. / Balsaraf, A. / Bhattacharya, D. / Jiang, D. / Pandey, R. / Tungare, K. / Friedrich, K. / Mehzabeen, N. / Biancucci, M. / Chinchilla-Olszar, D. / ...著者: Harshbarger, W. / Tian, S. / Wahome, N. / Balsaraf, A. / Bhattacharya, D. / Jiang, D. / Pandey, R. / Tungare, K. / Friedrich, K. / Mehzabeen, N. / Biancucci, M. / Chinchilla-Olszar, D. / Mallett, C.P. / Huang, Y. / Wang, Z. / Bottomley, M.J. / Malito, E. / Chandramouli, S.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
H: RSB1 Fab Heavy Chain
L: RSB1 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9394
ポリマ－109,9394
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13470 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area39490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.298, 190.298, 190.298
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Space group name HallI2b2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z+1/2,x
#5: z,-x,-y+1/2
#6: -y+1/2,z,-x
#7: -z,-x+1/2,y
#8: -z+1/2,x,-y
#9: y,-z,-x+1/2
#10: x,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z
#12: -x,-y+1/2,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#18: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#20: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#23: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Protein F


分子量: 9215.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (RSウイルス)
株: A2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P03420
#2: タンパク質 Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain


分子量: 45609.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (RSウイルス), (組換発現) Escherichia phage T2 (ファージ)
遺伝子: F, MZ07_64446gpF, wac
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A2H4WLA4, UniProt: A0A2Z5WL46, UniProt: P03420*PLUS
#3: 抗体 RSB1 Fab Heavy Chain


分子量: 29977.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 RSB1 Fab Light Chain


分子量: 25137.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 25% PEG 2000 MME, 0.01 M spermidine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.74→50 Å / Num. obs: 11995 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 25.69 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0956 / Net I/σ(I): 20.79
反射 シェル解像度: 3.74→3.8 Å / Num. unique obs: 1188 / CC1/2: 0.919

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MMU

4mmu


解像度: 3.74→40.57 Å / SU ML: 0.4256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5636
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 1198 9.99 %
Rwork0.218 10789 -
obs0.2251 11987 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.74→40.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6632 0 0 0 6632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56699190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04281082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3698924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.74-3.890.31031330.24151186X-RAY DIFFRACTION99.77
3.89-4.070.35411320.2461177X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.280.25851320.2221176X-RAY DIFFRACTION100
4.28-4.550.29651350.1871192X-RAY DIFFRACTION100
4.55-4.90.27381320.19211204X-RAY DIFFRACTION100
4.9-5.390.2961270.21291196X-RAY DIFFRACTION100
5.4-6.170.34171350.24291195X-RAY DIFFRACTION100
6.17-7.760.26571330.23561213X-RAY DIFFRACTION100
7.77-40.570.22741390.20531250X-RAY DIFFRACTION99.29
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84444450862-0.509056275587-0.0931443635220.6276342865120.1248684558230.4076529689-0.186835664271-0.3617318497270.5955525863480.2339696409850.162427117143-0.4022823505550.1013618339680.4372584216810.1451971145970.2210382884420.2568447311940.02735660177570.6516169101550.1484021108490.697152328756-9.36316370262-17.4247779196-32.2887660648
22.773879620651.21519366217-0.757556031511.42246600901-0.3756142812381.508300981020.2637220329070.1757588707560.3301036628870.418013784172-0.4207898146480.485695557826-0.0179415949075-0.741659217920.1311839682120.690559122688-0.177402070210.4434324014621.097740701410.1426455698771.2006043522-82.0369402098-24.0849677901-20.671593542
34.042889799522.21606554813-0.9771002505311.490107214130.3257698919082.93100576086-0.06355169722730.0102727483493-0.2176891682890.074872030248-0.08705001188750.484384492671-0.0273924400182-0.4821332815860.1683815356090.2984478440960.01785252191710.2508029498130.8680886675680.02949761460090.856742335507-76.4376650005-24.053300956-30.5738411429
43.00803627959-3.25594552302-2.186669046686.452651336092.239731451394.643666808590.1298970679740.03759732417060.6016169056080.137287666374-0.08695226054450.595898722908-0.523001264787-0.799218842799-0.06873632944020.4030815136420.1153798597670.289858862170.7973736862040.03219818208530.682459565847-73.8696066334-17.2965683179-30.3085028325
58.50822546289-5.565120866751.405096842674.748169647050.007432096643571.05716182990.105145793691-0.453225246071.351659646750.125166805164-0.0046803296752-0.253973731537-0.532554562952-0.498454003946-0.1549108849710.5006465035490.1129475329620.3450518262540.679655911257-0.03606966264170.738246665689-70.0830389423-14.1499754474-26.835446376
63.26206464186-0.7982042105910.8834342789581.30633936974-0.8824188725351.42790358441-0.292244440842-0.5372198130160.1857695483510.342272265390.379234603070.304938298248-0.190222093942-0.424293788726-0.07053667636240.5560289854960.1048788385730.3479083904091.10461812621-0.2047520775861.0504141042-77.8635743312-18.6267082739-21.0757403023
70.2564507254820.49907066135-0.336432724411.02063149373-0.7516156754810.632179354042-0.0463523602955-0.281043057891-0.2030453523740.333342500515-0.2504691520270.4424796543050.237724046894-0.6075505136990.3035651265560.269553417491-0.08317282231930.167335631270.7435402453840.09494608248830.746227915942-72.3025739026-25.8279250652-35.655578149
84.11934926728-0.8726710718590.3385558504973.741967895-0.3662823444090.324638036506-0.284872716153-0.592978974081-0.07922591732610.4883463727420.02793667203070.561689567710.1181996661340.03280256212230.2374931304230.38623861115-0.1302240466380.1548656709021.40733834695-0.04577631808531.3201303417-86.0403252494-22.4592069004-25.6830338918
93.74446911490.9374169507841.459338642521.792206255930.8320624976792.139716089270.05525975027760.225928710134-0.409185527277-0.0469155282823-0.02081582664530.7301462061130.0114625362306-0.96475821101-0.0903484045940.500863427150.294139820915-0.1943302815611.266236550450.06731381072211.44142883585-87.0813184441-16.0423059686-50.677812346
104.523055871771.11201921479-1.249779432041.520853469930.0694895868362.75092327229-0.116757389054-0.0137306372349-0.315053000620.126570598094-0.1241482298650.4878075820180.140190806045-0.7637172054220.1819254705580.2291986803930.03121946624810.01366633630410.7917979741790.1092464106610.937600070648-77.7962914857-19.4601349626-43.6054933537
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 277 through 509 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 1 through 23 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 24 through 45 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 46 through 52 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 52A through 66 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 67 through 89 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 90 through 101 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 102 through 113 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 1 through 24 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 25 through 44 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 45 through 53 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 54 through 63 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 64 through 93 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 94 through 109 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 26 through 33 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 34 through 52 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 53 through 62 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 63 through 67 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 68 through 73 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 74 through 97 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 137 through 276 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る