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- PDB-6vx2: HIV Integrase core domain in complex with inhibitor (5-methyl-1-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vx2
タイトルHIV Integrase core domain in complex with inhibitor (5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid
要素Integraseインテグラーゼ
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / HIV Integrase (インテグラーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...: / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / (5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid / インテグラーゼ / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gorman, M.A. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV Integrase core domain in complex with inhibitor (5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid
著者: Gorman, M.A. / Parker, M.W.
履歴
登録2020年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,17611
ポリマ－17,9051
非ポリマー1,27110
水543
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,35222
ポリマ－35,8112
非ポリマー2,54120
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.288, 46.288, 140.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Integrase / インテグラーゼ


分子量: 17905.354 Da / 分子数: 1 / 変異: Q53E,C56S,G124S,A125T,W131E,V151I,F185K,Q209E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F2WR39, UniProt: P12497*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-RQG / (5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid / 5-メチルベンゾフラン-3-酢酸


分子量: 190.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % / 解説: Cubic Bi-pyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月25日
放射モノクロメーター: AXCO capillary / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→46.16 Å / Num. obs: 6539 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 666 / CC1/2: 0.947 / Rpim(I) all: 0.158 / Rrim(I) all: 0.454 / Χ2: 0.92 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→43.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 18.855 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.543 / ESU R Free: 0.332 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2949 768 12 %RANDOM
Rwork0.21635 ---
obs0.22577 5603 97.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20 Å20 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→43.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1085 0 31 3 1119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9571.6531523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3241.5912459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4635139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.91923.67349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.40215194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.889154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1182.922562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1172.919561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4784.357699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4764.361700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.513.274563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3753.219556
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9754.681812
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.4333.2531219
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.42833.2461220
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 54 -
Rwork0.242 387 -
obs--94.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.2263 Å / Origin y: 5.7011 Å / Origin z: 3.907 Å
111213212223313233
T0.0941 Å2-0.0097 Å2-0.0098 Å2-0.1201 Å2-0.006 Å2--0.0245 Å2
L0.7545 °2-0.6905 °20.3726 °2-0.676 °2-0.3797 °2--1.1404 °2
S-0.0408 Å °-0.0731 Å °0.1243 Å °0.0189 Å °0.0139 Å °-0.1236 Å °0.2035 Å °0.0712 Å °0.0269 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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